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在获取染色体的长度信息的时候samtools faidx一直运行不出来，是为什么？

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输入脚本后报错，python mcscan jcvi 共线性分析报错:ValueError: invalid literal for int() with base 10: ''

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最后绘图的时候输入文件后报错，什么原因

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我遇到了相同的问题，我用的就是组学大讲堂的biolinux，不知道怎么办，输入的脚本什么的都是正确的，不知道怎么解决

  • 2021-04-05 22:32
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20 tbtools

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老师，请问我这个mscsan后出来的结果为什么是0呀？HV.gff和HV.blast文件截图大概内容是后面两个图。

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您好老师，请问绘制circos绘出的图，只有这些，请问是怎么回事？

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我看好多hsp20基因都是多个物种进行多序列比对的，多个物种比对那个蛋白质序列都需要筛选吗，构建进化树的时候，每个物种都需要筛选吗

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如果在pfam官网上没有找到自己基因的pfam号，怎么下载隐马尔科夫模型

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3 circos画图问题

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老师您好，我的motif图绘制出来后有一些基因显示没有motif，您能看看是哪里的问题吗？

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老师，用Blast做基因串联重复的时候，出现基因长度不相等，是啥情况，这两个基因还用不用比

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基因家族共线性分析的时候，水稻基因组按照脚本来还是查找不到想到了的 ，提取不出想要的序列

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老师，我看到我做的物种的全基因组WRKY基因家族生物学信息分析，已经有人做了，但我数据啥的都弄完了，我还能继续做这个课题吗

  • 2021-03-30 17:33
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老师你好，现在脚本运行正常了，但gff文件提前不出来

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请问针对基因家族的分析 ，预测motif使用domain.fasta序列还是全长序列比较好？

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老师您好！用meme分析motif时，输入/biosoft/meme/meme-v4.12.0/bin/meme ../WRKY_pep_confirmed.fa -protein -oc ./ -nostatus -time 18000 -maxsize 6000000 -mod anr -nmotifs 10 -minw 6 -maxw 100命令后显示zsh：no such file ordi

  • 2021-03-28 18:54
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无全基因组物种基因家族鉴定，利用转录组及全长数据，发现看到别人发表同物种自己正在做的基因，但胁迫处理不同，我可以继续做吗？还是换题

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如果提取基因一条代表CDS序列不成功，mRNA与CDS，GENE的ID都不一致（马铃薯数据库）

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您好，我想问问您在blast搜索鉴定之后如何提取对应的domain呢