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老师，我在做饭基因家族分析，我搜集的基因组的gff3文件，第一列有的是chr有的是基因id，这个会影响后续结果嘛？

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3 gff3_file_to_proteins.pl 报错

  • Dg 2025-01-10 16:59
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这个脚本如果直接从ensamble下载cds和pep还需要去提取吗，是不是可以直接转换格式

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这是我的文件名泛基因家族提取cds和pep的脚本应该怎么改呢

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这怎么添加ID或者是不是我下的文件的问题，那种文件是有ID的

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这种情况怎么解决

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3 基因家族分析 kaks分析

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泛基因家族，PAV分析提取id列表，确实一个基因组的信息，只统计了RH10-15，忽略了RH

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基因家族分析中的顺势作用元件分析问题

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ka/ks分析，有的基因没有axt文件

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基因家族分析

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做基因家族，需要下载图片中哪些文件？Genome Gff CDS Protein dou都需要下载吗

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在基因家族分析中的顺势作用元件分析中有几个差不多的元件是不是一个元件

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gff3_file_to_proteins.pl 报错

  • Dg 2025-01-14 22:00
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老师您好，我手上有一个基因的基因序列，通过pfam知道了它属于哪个基因家族，但是没有找到有做过这个基因家族的生信基因家族分析鉴定的文章，请问这种情况下能做基因家族分析吗？该怎么进行呢？

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5 请问利用jcvi整理泛基因列表，做JCVI做共线性分析时，一直提示/bin/bash: lastdb: command not found，是没有安装Last软件包吗？目前使用的镜像是购买课程时老师提供的，数据是26个玉米基因组数据（由于空间不足，只用了19个基因组）

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泛基因家族分析时，泛基因集构建与家族成员分析用的镜像不同，有区别吗

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3 请问，在3个数据库中进行结构域确认时，为什么我出不来和老师一样的结果，是不是使用的_pep_need_to_confirm.fa文件里面基因名称一行需要修改？

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老师，想问一下我泛基因集构建生成的last.gene.pair.txt文件是乱的，这个怎么办呢？应该怎么统一一下呢？

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构建泛基因列表，提取最长转录本这一步，运行几个小时之后没有结果是怎么回事？