老师，您好，我正在做泛基因家族分析，系统发育树构建，目前我的家族基因有一千二，和拟南芥一起构树，拟南芥家族基因三十多个，现在存在问题是：1.私有基因很多，一千多，需要都用来构树吗？2.构树后，该怎么给每个簇命名，我是根据拟南芥基因聚类结果，即查看该簇内拟南芥基因的注释看编码什么蛋白属于什么亚家族，则认为该簇谷子基因为这个亚类，但是发现结果比较乱，大多数是SCL亚家族，在下面的簇里有些是DELLA、PAT，且都为SCL1基因，但比较分散，那怎么命名呢？如果全部都是SCL亚类，可能吗？3.我使用加私有基因或者去掉私有基因构树，发现都存在这个问题，另外，还有几个簇只有谷子基因，没有拟南芥，该怎么命名，我查看其中两三个基因的水稻同源基因发现是SCL9。

以下是去掉私有基因及包含私有基因的聚类结果