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为什么在做进化树分析的时候，有的文章使用19条蛋白序列而有的文章是20条（同一个物种，同样的蛋白）？

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蛋白序列多序列比对问题

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泛基因家族绘制热图报错

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blast比对得到的基因进行构树，无法与拟南芥基因进行聚类

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构建进化树报错

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老师我在做泛基因家族分析里面的泛基因列表构建，生成last.txt文件非常慢，帮忙修改命令

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搜集的gff3文件；第一列不同，有的是chr，有的是id；这个影响吗？

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老师，我在做饭基因家族分析，我搜集的基因组的gff3文件，第一列有的是chr有的是基因id，这个会影响后续结果嘛？

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在做系统发育树时遇到了问题

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怎么利用hmmersearch批量提取不同基因组中的基因家族成员?

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镜像进不去，输入代码就这样。

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这个脚本如果直接从ensamble下载cds和pep还需要去提取吗，是不是可以直接转换格式

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Use of uninitialized value $id in lc at /share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/AGAT/OmniscientI.pm会影响结果吗

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3 基因家族分析 kaks分析

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3 gff3_file_to_proteins.pl 报错

  • Dg 2025-01-10 16:59
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这是我的文件名泛基因家族提取cds和pep的脚本应该怎么改呢

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这怎么添加ID或者是不是我下的文件的问题，那种文件是有ID的

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泛基因家族，PAV分析提取id列表，确实一个基因组的信息，只统计了RH10-15，忽略了RH

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ka/ks分析，有的基因没有axt文件

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基因家族分析中的顺势作用元件分析问题