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10 Ilumina芯片 IDAT原始数据标准化处理

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10 GEOquery包的getGEO函数无法下载 无法与服务器建立连接

  • 2019-11-11 16:41
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mapman非模式作物基因注释

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芯片数据RNA降解情况

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5 老师你好，我看了你多芯片illmina 标准化的视频，用你的代码发现处理不了GSE29248的数据，我发现这个矩阵的列和你视频教的不一样，不知道这种数据如何处理？？？

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5 老师您好，想咨询GEO问题

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5 agilent双通道芯片数据标准化

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5 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol。

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5 关于Rstudio最新版本中Biobase和GEOquery安装的问题

  • 2019-08-12 09:52
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10 chip-deg5 载入fData

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8 Agilent单色背景校正，Error in if (alpha <= 0) stop("alpha must be positive")

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5 双通道平台数据标准化，scan protocol。

1 解决

5 R下载GEO数据没有显示GSM1625995 = col_double()

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老师，我想问一下课程里面有个课程是可以处理双通道芯片的，它是具体处理出来是怎么样的呢，是知道了每个处理的表达量吗

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老师您好，我想问一下在GEO中的双通道芯片里面可以下载到的series_matrix.txt文件中的数值是有正负求的，并且数值基本没有超过10的，是不是说明这些值已经是处理和对照的比值然后取了log2所得到的呢，如果是的话我是不是可以直接通过观察这个文件里面的值就可以看到我所研究的基因有没有发生上调和下调，然后可以直接用这个值来做我的基因家族成员表达的热图吗

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5 GEO双通道芯片数据

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5 getGEO函数不能下载，提示Error in open.connection(x, "rb") : cannot open the connection，谢谢！

  • 荣 2019-06-17 13:13
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15 R语言处理GEO数据的问题

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老师麻烦您看看这是我在GEO数据库里找到的芯片数据，没有看懂样本后缀KE1,KE2,B1,B2代表的是什么意思，按道理来说后缀应该都是rep1,rep2,rep3这样子的重复才对啊，这里的没看懂是什么重复

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请问DAVid 数据库 可以对 谷子这个物种 进行注释检索吗？