5 老师您好,想咨询GEO问题

我在GEO中找到3个不同的GSE系列,打算分析某个疾病中的实验组和对照组的对比情况,然后再对3个GSE系列求交集。问题如下:1.如果这3个GSE系列是在同一平台,都是单通道芯片,样本信息显示如下图,那么数据信息是不是现成的已经经过标准化的数据?2.2.如果这3个GSE系列不在同一GPL,可以在GEO2R后可以直接求交集吗?3.单个GSE***中都有实验组和对照组,但是有的GSE中是配对样本,有的是非配对样本,这些GSE系列可以放在一起比较吗?

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1 个回答

Daitoue
擅长:生命科学,生物信息

1、绝大部分GEO芯片提供标准化数据,不同芯片类型对应的标准化形式不同

2、若三个实验数据来自同一芯片类型,理论上可以联合分析,注意需要去除批次效应

3、若三个实验来自不同芯片,对应的探针不同,数据无法相互对应。

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