5 R下载GEO数据没有显示GSM1625995 = col_double()

你好,视频里用R下载GSE数据时,输入gset = getGEO(GSE, GSEMatrix = TRUE, AnnotGPL = TRUE,destdir = workdir)后有一段红字显示:

Parsed with column specification:
cols(
     ID_REF = col_character()
     GSM1625995 = col_double()
     ....
     ....

File stored at: 
F:/GEO/20180605/Download/GSE66597/GPL6480.annot.gz
     但是我下载时显示
Found 1 file(s)
GSE8205_series_matrix.txt.gz
trying URL 'https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE8nnn/GSE8205/matrix/GSE8205_series_matrix.txt.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 2228220 bytes (2.1 MB)
downloaded 2.1 MB
Parsed with column specification:
cols(
  .default = col_double()
)
See spec(...) for full column specifications.
File stored at: 
D:/GEO/Download/GPL1901.annot.gz

GSE的矩阵文件可以正常下载,而且我的这个GSE没有对应的GDS。

请问这样会不会影响后续的分析,谢谢!
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最佳答案 2019-08-02 22:10

???下载矩阵就可以了啊?分析的主要是矩阵和芯片探针信息,无关什么下载形式 能获得类似结构的信息就好了

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