5 双通道平台数据标准化,scan protocol。

在Agilent双通道芯片标准化课程中有如下代码:

files = list.files(workdir, pattern = "GSM")

files

RawData=read.maimages(files=files,source="genepix")

show(RawData)



我用的GSE8205的 Scan protocol 为 Axon 4000B scanner. Both the 635nm (red, Cy5) and 532nm (green, Cy3) channels are scanned simultaneously at 100% laser power, the PMT set between 600 and 950. Slides are scanned at a resolution of 10micron

我将课程代码中的 genepix 改成 axon,则显示如下情况:

Error in match.arg(source, c("generic", "agilent", "agilent.mean", "agilent.median",  : 

  'arg' should be one of “generic”, “agilent”, “agilent.mean”, “agilent.median”, “arrayvision”, “arrayvision.ARM”, “arrayvision.MTM”, “bluefuse”, “genepix”, “genepix.mean”, “genepix.median”, “genepix.custom”, “imagene”, “imagene9”, “quantarray”, “scanarrayexpress”, “smd.old”, “smd”, “spot”, “spot.close.open”

请问课程代码中 “genepix” 是否需要改?

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1 个回答

Daitoue
擅长:生命科学,生物信息

根据函数介绍不同的参数对应不同的原始数据,你需要看看你的原始数据获取方法对应参数中的哪一个   genepix根据实际数据修改成对应的 不是随便改。下图是你的数据:

attachments-2019-08-1OZyYgIS5d477c1023978.jpg

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  • Gordon 提出于 2019-08-02 22:21

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