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老师您好，我在进行富集分析时，读取文件中的GeneID出现如下报错，请问我该如何解决？

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老师您好，我在进行GEO分析时，打开分组文件group_file时出现报错，请问我该如何解决？

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请问老师，GEO数据分析时，运行gset = getGEO(GSE, GSEMatrix =TRUE, AnnotGPL=FALSE,destdir=workdir)时，遇到如图中报错，该如何处理呢？

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请问老师，GEO数据分析时，GPL平台没有Annotation SOFT table文件下载，该怎么处理平台注释文件呢？

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Error in (function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for function ‘bg.correct’ for signature ‘"HTAFeatureSet", "character"’

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5 安捷伦双色通道：探针表达值是什么？log2（R/G）还是 log2（G/R）

  • 2021-01-26 13:49
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安捷伦双色通道 “RawData=read.maimages(files=files,source="genepix") “报错”

  • 2021-01-23 22:08
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GEOquery 下载不了数据

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GEO在线分析工具--GEO2R进行基因差异表达分析

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GEO在线分析工具--GEO2R进行基因差异表达分析

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3 GSEA基因表达数据文件报错

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关于用SVM和LASSO方法筛选标记基因的问题

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5 关于用SVM和LASSO方法筛选标记基因的问题

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GEOquery 下载不了数据

1 解决

10 有些GEO数据没发表论文/文章，可以拿来用吗？

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GO富集分析

  • 荣 2020-09-23 01:14
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你好，我这边从GEO数据集中下载下来相应的数据矩阵，发现他的所有Gene Symbol都为空值，想请问一下如何使symbol不为空，感谢大神指教。

  • tutu 2020-09-10 20:39
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请老师推荐一个课程

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5 Seurat 直接读取的表达矩阵可以是经过log2plus1和normalizaed to 10,000 counts per cell的矩阵吗？需要转化成raw count吗？

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老师您好，我按照GEO芯片数据挖掘课堂上所讲的内容，通过网站直接下载了葡萄GSE = "GSE36128"和 GPL = "GPL13936"，如何能通过避免代码下载的方式获得expressionMatrix.csv,sampleTreatmentdetail.csv以及platformAnnotation.csv这三个文件?