GeneDoc绘制漂亮的多重序列比对图

由于软件的功能限制,一些比对软件生成的比对文件,如Clustalx的*.aln文件,可读性差,无法满足高质量期刊的要求。因此,在实际操作过程中,需要对一些多重序列比对的文件进行着色美化。 GeneD...

由于软件的功能限制,一些比对软件生成的比对文件,如Clustalx的*.aln文件,可读性差,无法满足高质量期刊的要求。因此,在实际操作过程中,需要对一些多重序列比对的文件进行着色美化。

GeneDoc简介

GeneDoc是蛋白质和DNA序列同源比较的辅助软件,它不能对多个序列以某种算法进行自动比较,但是能对其他软件的比较结果进一步处理。如编辑和修改,用亮丽的色彩来区分相互间序列的同源性,并输出各种漂亮的图形格式。

GeneDoc下载地址:https://github.com/karlnicholas/GeneDoc。

GeneDoc使用

1.导入多重序列比对结果

GeneDoc可接收多种格式的比对结果文件,如 . fas  .msf  .aln等格式。这里以 .fas格式(Clustalw比对后导出的fasta格式)为例,具体操作如下图所示:

attachments-2019-03-8dc7w9z55c78d70b986e8.jpgattachments-2019-03-1JJNzWde5c78d71c1c5af.jpg


导入文件后点击 Done ,导入后的界面如下图所示:

attachments-2019-03-w6nbvE0T5c78d72be4e16.jpg

2.美化设置

点击Project → Configure 弹出配置界面,这里可以对氨基酸的大小,每行氨基酸的个数、颜色以及显示模式等进行设置。

attachments-2019-03-TzzFvZiV5c78d7558569c.jpg

Configure界面如下:

attachments-2019-03-YxyNHmFw5c78d763360aa.jpg

点击Project → Edit Sequences List,可以修改氨基酸序列的顺序或者修改序列名称。

attachments-2019-03-ZFiwHaSK5c78d774762d5.jpgattachments-2019-03-eYLuSD5Y5c78d7b67e910.jpg


3.导出

编辑好序列后,下面就是导出图片了。具体操作为:点击 Edit → Select Blocks for Copy,选择要导出的序列。

attachments-2019-03-iZotBf1v5c78d7ce05e87.jpg

然后点一下序列,这样就选中了全部的序列,整个背景会变为黑色。

attachments-2019-03-zHKulMXM5c78d7db89697.jpg

然后再点击 Edit → Copy Select Blocks to → RTF File,即可导出.rtf文件,使用word即可打开该文件。

attachments-2019-03-AnqHexHd5c78d7e6e7e23.jpg

导出后文件如下:

attachments-2019-03-Wb939wX85c78d7fc261a6.jpg

当然小编审美能力有限,大家可以按照自己的想法修改,多试一试每个功能,一定能绘制出更漂亮图片。

以上操作介绍完了,怎么样?是不是很简单?快来试一下吧!

最后祝您科研愉快!




此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下:

1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程

2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读转录组(无参)结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析

4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘

5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读

6. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请点击以下链接:

http://m.study.163.com/provider/400000000234009/index.htm?share=1&shareId=1031480318


  • 发表于 2019-03-01 12:00
  • 阅读 ( 4447 )
  • 分类:软件工具

相关问题

0 条评论

请先 登录 后评论
安生水
安生水

215 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 288 文章
  2. 安生水 215 文章
  3. Daitoue 168 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. 红橙子 37 文章
  6. landy 37 文章
  7. 生信老顽童 35 文章
  8. CORNERSTONE 32 文章