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TCGAbiolinks 错误 Error in value[[3L]](cond) : GDC server down, try to use this package later

TCGAbiolinks 错误 Error in value[[3L]](cond) : GDC server down, try to use this package later 排查

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  • microRNA
  • 发布于 2018-06-20 09:47
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bioperl处理fasta和fastq序列截取反向互补翻译等等

截取，反向互补，读入，写出，筛选等

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-06-08 15:30
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subset提取符合条件的数据

利用subset针对数据框按照条件进行判断和筛选数据

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-06 21:06
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用R做蛋白互作分析

采用R包STRINGdb 来进行蛋白互作网络分析

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  • microRNA
  • 发布于 2018-06-01 16:49
  • 阅读 ( 7270 )

转录组分析基因注释常用的数据库

转录组分析常用数据库

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  • landy
  • 发布于 2018-06-01 13:42
  • 阅读 ( 13353 )

aggregate对数据分组处理

利用aggregate对数据进行分组处理，包括分组求和，分组取均值，最大值，中位数等等

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-05-31 15:52
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密度图--ggplot2

利用ggplot2绘制密度图，并直接在密度图上叠加另一组数据的密度曲线

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-05-25 13:01
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awk基本参数解释

awk擅长于对文件按行操作，每次读取一行，然后进行相应的操作。 awk读取单个文件时的基本语法格式是 awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{print $0, $1;}' filename 读取多个文件时的语法是 awk...

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  • landy
  • 发布于 2018-05-25 10:29
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R语言计算平均值，中位数

Mean（）求平均值 通过求出数据集的和再除以求和数的总量得到平均值 函数mean()用于在R语言中计算平均值。语法 用于计算R中的平均值的基本语法是 - mean(x, trim = 0, na.rm = FALSE, ...)...

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  • 安生水
  • 发布于 2018-05-24 15:53
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linux下替换文件中的换行符

之前在linux系统执行以下命令： ls file |xargs sed -i 's/\n//g' 然而却发现没有任何效果，百度之后发现 sed是按行处理文本数据的，每次处理一行数据后，都会在行尾自动添加trailing newline...

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  • 安生水
  • 发布于 2018-05-24 10:35
  • 阅读 ( 6795 )

linux:简单使用（2）

linux

推荐一个好用文献管理软件：CNKI E-Study——数字化学习与研究平台(1)

CNKI E-Study——数字化学习与研究平台的学习使用

R语言、文件读取（2）

R、R语言、文件读取、xlsx

Python虚拟环境解决不兼容问题

采用Python 虚拟环境，解决python不同版本，不同包 间不相容的问题

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  • microRNA
  • 发布于 2018-05-18 10:11
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pip安装python模块

python模块安装还是非常简单的，只要把pip安装好之后，一切都用一条命令搞定。 如果你使用的是从 python.org 下载的Python 2 >=2.7.9 或者Python 3 >=3.4，那么pip是已经安装了。 1....

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  • 安生水
  • 发布于 2018-05-18 09:47
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微生物组间差异分析之LEfSe

lefse分析

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-05-17 21:52
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blast序列比对中E值是什么意思？

E value——E（Expect）值，表示随机匹配的可能性。E值越大，随机匹配的可能性也越大。E值接近零或为零时，具本上就是完全匹配了 E-value - this tells you the probability of getting this sco...

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  • landy
  • 发布于 2018-05-17 10:45
  • 阅读 ( 18574 )

转录组的3种分析模式

转录组分析的3种模式及分析流程

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  • microRNA
  • 发布于 2018-05-13 22:01
  • 阅读 ( 6351 )

MEGAN 分类学树状图 饼图说明

MEGAN分类柱状图解释

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-05-11 16:06
  • 阅读 ( 4662 )

如何将基因组的注释文件gff转化成基因的注释文件gtf

在做分析的时候，有时候我们需要将gff文件转化为gtf，如何转化呢？ 这里有一个小工具，虚拟机的bio-linux自带不需要安装，就是gffread： 命令行格式：gffread   gff文件   -T  -o  gtf文件，...

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  • landy
  • 发布于 2018-05-11 10:55
  • 阅读 ( 7019 )