10X Visium空间转录组图像

10X Visium空间转录组图像

空间转录组分析正在重新定义我们如何看待生物科学。与传统的单细胞转录组分析相比,它不仅能告诉我们哪些基因正在表达,还能告诉我们这些基因在组织或样本中的具体位置,为生命科学的研究提供了一个更全局、更立体的视角。本文将详细介绍基于10x Genomics测序平台及其软件工具Space Ranger的各种图片类型及参数,让你在科研路上更加得心应手!


Space Ranger允许用户在福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)和新鲜冷冻组织中进行全转录组映射。它可以接受用苏木精和伊红(H&E)染色的明场图像、单/多灰度荧光通道图像,及由外部程序(如ImageJ/Fiji或Photoshop)组合和着色的荧光通道图像所制成的彩色图像作为输入。


Space Ranger的分析流程中有四种图像的参数,具体条件如下:


attachments-2024-09-lBDIf9m066ebb58dce38c.png

明场图像:--image

典型的明场图像是一种透射图像,从下方用白光照明,并从上方成像。样本中组织和细胞所在的密集区域会减弱透射光,从而产生一幅具有明亮背景和深色或有色前景的图像。


attachments-2024-09-iWv4oiDp66ebb59f2a6ac.png


彩色荧光图像:--colorizedimage

Visium的荧光图像protocol 中展示的是免疫荧光图像,信号由与感兴趣蛋白结合的荧光染料标记的抗体生成。


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不同通道的灰度荧光图像:--darkimage


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荧光图像通道1


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荧光图像通道2


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荧光图像通道3


CytAssist捕获的图像:--cytaimage


attachments-2024-09-xwMzBWKK66ebb5e60b841.png

6.5 mm Capture Area


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11 mm Capture Area


了解完Space Ranger支持的图片类型后,让我们来看一下合格的图片具体有哪些要求吧。

图像尺寸的要求:

Space Ranger根据不同的载玻片型号对图像有不同的最小尺寸要求。为了确保Space Ranger在一系列输入分辨率上的图像处理性能均匀,输入图像会根据拍摄组织切片的载玻片版本进行下采样。(需要注意的是,在Space Ranger内部进行的任何下采样都不会影响在Loupe Browser中的可视化,后者总是使用全分辨率的输入图像。)


attachments-2024-09-kAkvkcEY66ebb6130e5fd.png

图像位置的要求:

如果来自具有6.5 mm捕获区域(V1或V2)的Visium载玻片的输入图像在捕获区域的左侧或右侧有大量的空白,或者图像包括位于待分析区域上方或下方的捕获区域的一部分,为了容纳额外的空白,输入图像中的捕获区域可能会被过度下采样。如果这类图像的基准定位或组织检测结果不符合预期,10x建议裁剪图像以去除基准边界之外的多余图像区域。过高或过宽的图像可以使用如ImageJ/Fiji等免费工具轻松裁剪。

错误示范:

太宽:


attachments-2024-09-PDxEvftd66ebb62334e09.png

太长:


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正确示范:


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注意:

提供给Space Ranger的图像必须仅包含来自Visium基因表达载玻片的一个捕获区域。通过在spaceranger count流程中使用--area参数,可以明确指定提供图像的确切捕获区域。

错误示范:


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正确示范:


attachments-2024-09-LqieUWvc66ebb6596eedf.png

此外,有些条件会影响图片自动配准的效果,比如显微镜图像中的组织比CytAssist图像中的组织多、具有对称性(例如,圆形切片)且没有明显形态特征的组织切片、图像过度曝光等情况下,可以尝试使用Loupe Browser中的手动处理后使用每种组织/仪器类型特异的Manual Alignment流程进行分析哦。

  • 发表于 2024-09-19 13:20
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  • 分类:转录组

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