在生信分析时,经常会做一下蛋白多序列比对。对于比对结果中,一些不保守的列,我们可以选择剪切掉。再进行之后的分析,比如构建进化树,进化树的构建会容易很多。 剪切序列时有一个非常好用的...
screen技巧
使用NCBI自带的工具实现蛋白序列的批量下载
PICRUSt2扩增子功能预测与差异比较分析
基因组重测序docker镜像更新到2.0
嵌合抗体是一个物种(如小鼠)的可变区和另一个物种(如人类)的恒定区而组成的结构性嵌合体。当开发治疗性单克隆抗体(mAb)时,嵌合抗体是降低免疫原性和增加血清半衰期的必要过程。
REPuter可注释叶绿体重复序列,包括4种类型,Forward(F), Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。 REPuter 是可在线注释, 详情可参考文献 REPuter: the manifold applications of...
细胞作为生命的基本单位,必须利用其DNA中编码的信息来制造蛋白,因为蛋白对细胞结构至关重要,可以使细胞具有特定的形状和结构。根据中心法则,当DNA转录为RNA,RNA又被翻译成蛋白时,遗传信息则从DNA传递到RNA再到蛋白。那么影响蛋白表达的因素有哪些?又如何规避呢?
Orthology 定义
Orthofinder是做直系同源基因分析时常用软件,除此之外,还可以使用OrthoMCL,今天主要介绍Orthofinder软件的工作流程。 1. Orthofinder发表的工作流程如上图: 1.1 (a)将所有物种的...
安装gdal报错
有时候我们从NCBI下载SRA文件时会发现,会有SRA Lite和SRA Normalized两种类型的数据,前者后缀是.sralite,其文件大小也比原始的SRA文件要小。这两种数据的区别是什么呢?
解决基因组当中蛋白质序列ID和gff中ID不一致的问题
VI、VIM用什么命令跳到文件头和文件尾
基因家族共线性分析,利用python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性
利用单拷贝直系同源基因蛋白序列做分歧时间树
SSR (Simple Sequence Repeat),即简单重复序列,是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术,也称为微卫星序列或者串联重复。