手把手教你在线分析转录因子结合调控分析(植物)

手把手教你转录因子结合调控分析

今天介绍一个植物的转录因子调控的综合性分析网站PlantRegMap,该网站的功能非常的强大,其主要功能包括如下:

1. 植物转录因子预测    

输入蛋白序列或者核酸序列即可对是否是转录因子进行预测,如果是转录因子,会对转录因子的结合位点,保守性等有详细的信息。

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2. 转录因子结合位点预测

选择一种物种,输入转录因子上游的Promoter 序列,即可预测哪些转录因子结合于Promoter 哪个区域    。

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3.  转录因子富集分析 

输入一组基因的名称,即可预测调控这些基因的转录因子,并对转录因子进行功能富集分析,富集显著的转录因子即为最重要的调控因子。

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4. 调控网络分析   

综合前面的两种分析模式,即可进行调控网络的分析。选择一个物种,输入一组基因的promoter序列,就可以对调控这些基因的转录因子进行分析,并可以对转录因子进行富集分析,这就可以筛选出关键作用的转录因子。结果如下:

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5. GO 富集分析   

针对一组基因进行GO富集分析,分别从分子功能,细胞组份和生物过程3个方面进行功能富集分析。

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学会利用好这个网站,分析转录因子的调控,那就易如反掌了。 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程

1. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读转录组(无参)结果解读

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  • 发表于 2018-08-16 22:50
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  • 分类:转录组

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红橙子
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