SURVIVOR合并单样品SV出错

在做SV、CNV变异检测时,会使用SURVIVOR将不用样品的vcf文件合并到一起,命令如下: ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge...

在做SV、CNV变异检测时,会使用SURVIVOR将不用样品的vcf文件合并到一起,命令如下:

ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge sample_files 1000 2 1 1 0 30 all_sample_sv.vcf

但如果遇到只有一个样品时会生成空的vcf。这时候可以改成如下命令运行:

ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge sample_files 1000 1 1 1 0 30 all_sample_sv.vcf
1000表示允许合并的SV间的距离最大为1000bp;
2表示仅输出2个工具或样品均鉴定出的SV;
1表示仅输出同类型的SV;
1表示仅输出同方向的SV;
30表示仅考虑长度在30bp以上的SV

将2改为1后,可以正常输出merge后的vcf。

  • 发表于 2023-12-13 13:51
  • 阅读 ( 758 )
  • 分类:软件工具

你可能感兴趣的文章

相关问题

0 条评论

请先 登录 后评论
安生水
安生水

328 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 658 文章
  2. 安生水 328 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. 红橙子 78 文章
  6. CORNERSTONE 72 文章
  7. xun 68 文章
  8. rzx 67 文章