microRNA
生信老顽童
手把手教你使用GSEA分析！
准备好分析需要的文件，在GSEA官网下载分析软件（软件可以免费下载，需要配置java环境）就可以进行GSEA分析。 打开分析软件，第一步是载入数据，如下图所示，点击红箭头指向的1出的Load data会...
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- landy
- 发布于 2018-07-06 12:53
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landy
统计不同样品-生物学重复基因表达量数据合并和绘图统计
处理统计RNA-seq 表达量数据，绘制柱状图，PCA散点图，还有不同样品表达基因维恩图。
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- omicsgene
- 发布于 2018-06-28 23:52
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omicsgene
转录组分析时，影响差异基因数量的因素有哪些？
差异基因的筛选是基于统计学意义的，不能直观的通过两个数值的大小判断差异基因的是否。 首先：受测序深度的影响，有些样品的测序深度较深，可能导致该样品的readcount数值较高，做差...
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- landy
- 发布于 2018-06-28 16:33
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转录组差异基因为什么要进行聚类分析？
聚类分析用于判断差异基因在不同实验条件下的表达模式，将表达模式相同或相近的基因聚集成类，进而识别未知基因的功能或已知基因的未知功能，这些同类基因可能具有相似的功能，共同参...
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- landy
- 发布于 2018-06-28 16:28
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转录组测序样品间的相关性有何意义？如何计算?
样品间的相关性反应了样品间的相似程度，即不同处理或组织的样品在表达水平方面的相似度。相关系数越 接近1，样品间的相似度越高，样品间的差异基因也越少。生物学重复间的样品的相关系数...
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- landy
- 发布于 2018-06-28 14:02
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Cufflinks,Stringtie 合并转录本之后，如何筛选新转录本？
GTF文件中class code 注释转录本的类型
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- microRNA
- 发布于 2018-06-28 09:51
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如何将GEO芯片注释文件整理成GSEA能使用的芯片注释文件？
将GEO数据库中的注释文件整理成GSEA软件可以使用的芯片注释文件
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- landy
- 发布于 2018-06-22 15:01
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R语言对基因表达量数据RNA-seq做PCA分析
PCA(principal component analysis )主成分分析，可以分析样品之间相关性，确定样品总体上的差异，或者查看是否有批次效应等
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- omicsgene
- 发布于 2018-06-04 15:21
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GSEA分析需要的基因集Molecular Signatures Database是什么？
在作GSEA的分析时候需要提供一个预先定义好的基因集，用来评估基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的影响作用，那么基因集都包括哪些呢？ GSEA官网的基因集...
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- landy
- 发布于 2018-05-31 16:03
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