如果你的cell来自多个病人建议按病人分组，并添加   --cluster_by_groups 参数，infer CNV会按病人分组再聚类

Rscript ../infercnv.r -i ../BCC_GSE123813.qs  \

  -r "T_cells"   --annotations_file  ../cellanno_selected.tsv  --gene_location ../hg38_gencode_v27.txt \

     --cpu 20 --hmm  --denoise  --analysis_mode subclusters  --cluster_by_groups

Rscript ../infercnv.r -i ../BCC_GSE123813.qs  \

  -r "T_cells"   --annotations_file  ../cellanno_selected.tsv  --gene_location ../hg38_gencode_v27.txt \

     --cpu 20 --hmm  --denoise  --analysis_mode subclusters

Rscript ../infercnv.r -i ../BCC_GSE123813.qs  \

  -r "T_cells"   --annotations_file  ../cellanno_selected.tsv  --gene_location ../hg38_gencode_v27.txt \

     --cpu 20 --hmm  --denoise  --analysis_mode samples

Rscript ../infercnv.r -i ../BCC_GSE123813.qs  \

  -r "T_cells"   --annotations_file  ../cellanno_selected.tsv  --gene_location ../hg38_gencode_v27.txt \

     --cpu 20 --hmm  --denoise  --analysis_mode samples  --cluster_by_groups

Rscript ../infercnv.r -i ../BCC_GSE123813.qs  \

  -r "T_cells"   --annotations_file  ../cellanno_selected.tsv  --gene_location ../hg38_gencode_v27.txt \

     --cpu 20 --hmm  --denoise  --analysis_mode subclusters  --cluster_by_groups  --tumor_subcluster_partition_method random_trees

Rscript ../infercnv.r -i ../BCC_GSE123813.qs  \

  -r "T_cells"   --annotations_file  ../cellanno_selected.tsv  --gene_location ../hg38_gencode_v27.txt \

     --cpu 20 --hmm  --denoise  --analysis_mode subclusters  --tumor_subcluster_partition_method random_trees

Rscript ../infercnv.r -i ../BCC_GSE123813.qs  \

  -r "T_cells"   --annotations_file  ../cellanno_selected.tsv  --gene_location ../hg38_gencode_v27.txt \

     --cpu 20 --hmm  --denoise  --analysis_mode samples  --cluster_by_groups  --tumor_subcluster_partition_method random_trees

 

Rscript ../infercnv.r -i ../BCC_GSE123813.qs  \

  -r "T_cells"   --annotations_file  ../cellanno_selected.tsv  --gene_location ../hg38_gencode_v27.txt \

     --cpu 20 --hmm  --denoise  --analysis_mode samples  --tumor_subcluster_partition_method random_trees

Rscript infercnv.r -i ../12.niche/molecular_niche.GraphST_clusters.qs  \

  -r "normal"  --annotations_file  cellanno.tsv  --gene_location hg38_gencode_v27.txt \

     --cpu 20 --hmm  --denoise  --analysis_mode subclusters  --k_obs_groups 5  \

     --hmmstate i6 -o infercnv3

Rscript infercnv.r -i ../12.niche/molecular_niche.GraphST_clusters.qs  \

  -r "normal"  --annotations_file  cellanno.tsv  --gene_location hg38_gencode_v27.txt \

     --cpu 20 --hmm  --denoise  --analysis_mode samples  --k_obs_groups 5  \

     --hmmstate i6 -o infercnv4

Rscript infercnv.r -i ../12.niche/molecular_niche.GraphST_clusters.qs  \

  -r "normal"  --annotations_file  cellanno.tsv  --gene_location hg38_gencode_v27.txt \

     --cpu 20 --hmm  --denoise  --analysis_mode samples  --k_obs_groups 5  --tumor_subcluster_partition_method leiden \

     --hmmstate i6 -o infercnv5

Rscript infercnv.r -i ../12.niche/molecular_niche.GraphST_clusters.qs  \

  -r "normal"  --annotations_file  cellanno.tsv  --gene_location hg38_gencode_v27.txt \

     --cpu 20 --hmm  --denoise  --analysis_mode subclusters  --tumor_subcluster_partition_method leiden --leiden_resolution 0.01 \

     --hmmstate i6 -o infercnv7

Rscript infercnv.r -i ../12.niche/molecular_niche.GraphST_clusters.qs  \

  -r "normal"  --annotations_file  cellanno.tsv  --gene_location hg38_gencode_v27.txt \

     --cpu 20 --hmm  --denoise  --analysis_mode samples  --tumor_subcluster_partition_method leiden --leiden_resolution 0.01 \

     --hmmstate i6 -o infercnv6

## leiden 聚类方法 --leiden_resolution 0.01  控制聚类数量 通常很多

Rscript infercnv.r -i ../12.niche/molecular_niche.GraphST_clusters.qs  \

  -r "normal"  --annotations_file  cellanno.tsv  --gene_location hg38_gencode_v27.txt \

     --cpu 20 --hmm  --denoise  --analysis_mode subclusters  --cluster_by_groups \

     --tumor_subcluster_partition_method leiden --leiden_resolution 0.001 \

     --hmmstate i6 -o infercnv3

# random_trees 聚类方法最多 8类 肿瘤克隆进化分析需要

Rscript infercnv.r -i ../12.niche/molecular_niche.GraphST_clusters.qs  \

  -r "normal"   --annotations_file  cellanno.tsv  --gene_location hg38_gencode_v27.txt \

     --cpu 20 --hmm  --denoise  --analysis_mode subclusters  --cluster_by_groups \

     --tumor_subcluster_partition_method random_trees --hmmstate i6 -o infercnv2

Rscript infercnv.r -i ../12.niche/molecular_niche.GraphST_clusters.qs  \

  -r "normal"  --annotations_file  cellanno.tsv  --gene_location hg38_gencode_v27.txt \

     --cpu 20 --hmm  --denoise  --analysis_mode subclusters  --cluster_by_groups  --k_obs_groups 5 \

     --hmmstate i6 -o infercnv1