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5 kegg

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rocks 添加用户

  • 2020-12-31 14:56
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R分析KEGG报错两处：绘制富集的pathway和KEGG富集结果气泡图

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在基因家族分析的时候，结构域的筛选E-value值的时候，选取小于0.0001，运行命令，结果中并没有排除掉一些大于该值的序列，3.4e-05到底等于多少，是3.4乘以e的-5次方还是3.4e的10的-5次方

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利用Linux制作circos配置文件时，result文件无数据

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请教老师，用自己的hmm文件，进行了domain的二次搜索，结果如下图所示。结果显示仍然会有很多只是匹配了一部分序列片段。我用这些部分比对上的结果截取序列后，再三大数据库对比发现也存在我想要的domain. 现在的问题是，如果要这些部分的结果截取序列，做进化树就会差异太大。如果不要部分比对上的，又怕少了家族序列。只有一部对比上的，到底如何取舍呢？这样的情况如何处理，有没有相关的标准？谢谢

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基因组间共线性分析

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请教老师，用自己的hmm文件，进行了domain的二次搜索，结果如下图所示。结果显示仍然会有很多只是匹配了一部分序列片段。我用这些部分比对上的结果截取序列后，再三大数据库对比发现也存在我想要的domain. 现在的问题是，如果要这些部分的结果截取序列，做进化树就会差异太大。如果不要部分比对上的，又怕少了家族序列。这样的情况如何处理，有没有相关的标准？谢谢

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植物的MADS-box基因家族

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老师，我在重新描述一下问题，mascanx方法和BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对，数目不一样，是不同算法的不同结果是吗？做CIRCOS圈图时， 可以用BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对来做吗？我BLAST方法筛出来的串联重复等数目更多一些。

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老师，我在重新描述一下问题，mascanx方法和BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对，数目不一样，是不同算法的不同结果是吗？做CIRCOS时， 可以用BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对来做吗？我BLAST方法筛出来的串联重复等数目更多一些。

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MCSCANX和KAKS计算出的共线性对数目不一致，虽然用的都是70%同源性。这合理吗？如果用KAKS计算出的基因对做circos圈图合理吗？

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老师好，想请教一下，如果拟搜索的家族是一个超家族，序列长度较长，比如图，463bp。用hmmsearch后，hit到的结果里面的hmm coord from to 是存在好多的一部分的片段，比如310~460的部分片段，但是E值很小。请问这种hit结果如何筛选？如何建立自己的隐马科夫模型？谢谢

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计算串联重复时，满足两个大于75的标准，但是不在一条染色体上，也不属于片段重复（MCscanx结果显示）。请问这种情况属于什么重复方式？

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5 物种内共线性对数太少调节哪个数值可以多一些？

1 解决

10 s

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GEOquery 下载不了数据

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老师您好，我根据课程步骤的指令，改不了文件的格式，我能找到format_fa_for_qiime.pl文件，还把它放到了操作的文件夹，但是电脑找不到这个文件，是什么原因呢

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老师好，我按照课程输入指令后，没有更改文件格式，是哪里出问题了

  • 2020-12-24 10:58
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老师，您好，微生物多样性分析课程里质控数据统计分汇总中的$scriptdir/qc_stat.qc脚本是样本名称吗，下载了公众号的文件，没找到scripts文件，这一步不知道怎么运行了