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老师您好，我在做基因结构分析时，只得到mRNA和CDS的信息，请问这个脚本该怎么修改才能得到exon的信息呢

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gff文件包含gene,cds,exon,mRNA的信息，请问如何获取intron的位置信息。我想知道基因组intron的总长度？

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安装的bio-linux启动时要求重复输入密码

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老师，请问下如何找寻得到miRNA的原始基因组序列信息？是通过什么生物学手段找寻得到的呀？

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5 构建系统进化树时利用课程提供的脚本提取不出来cds序列是为何？

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MENA做分子生态网络图时，多张图的话选取阈值是否应该相同?比如选取阈值都为0.9构建网络?还是分别选取最优阈值构建网络?

  • 2020-05-22 23:01
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5 老师，您好，学习咱们得基因家族分析课程。按照咱们得代码运行，发现第二次搜索hmmsearch，发现输出空吧，我把以前生成的文件和你们提供的demo比了一下都一样，可是WRKY_domain_new_out.txt空白

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请问一下，如何能将Vector-NTI里面工具栏的字体放大呀，这个太小了，看着眼睛痛呢！

2 解决

求助，在docker内使用treemix镜像，引用一个.sh命令时报错

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MCScanX中的layout 文件的y列

  • Iron 2020-05-21 15:19
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docker镜像

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5 老师，想请教一下，如果这两个地方都写了是不是重复设置了，写了一个另外一个就不需要了？

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提取基因在染色体位置时发现gff3文件中的染色体编号不好理解。疑惑。

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5 在Method menu进行相关性、相似性以及距离计算时，我想设定pearson,spearman系数>0.6的边构建网络 在Method menu进行相关性、相似请问老师设置参数的时。是在进行permutation时设置，还是在进行Bootstrap时设置。

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想请教一下，conet网络构建的课程，用提供的数据文件分析完全可以，但是用我的数据文件就报错。我尝试了用测序公司提供的xlsx格式，并把数据形式改成和课程提供数据完全一样，再转化成txt制表符文件格式后输入，选择第二个选项（由biom格式转化来的文件），结果报错。把测序公司提供的biom格式文件输入，选择第三个选项（biom HDF5格式，还是报错）。这是什么问题呢？

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TCGA的甲基化矩阵，是否需要使用normalizeBetweenArrays标准化处理？

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您好，老师我想知道基因组学、转录组学、代谢组学的优缺点？

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具体用那些数据分析 是两两比较还是总的比较

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进化关系分析老师你好！我想看看这几个bhlh基因中的哪个和sa6G516730的亲缘？ 进化分析得出sa6G516730跟bhlh12 关系比较近，但相似度分析sa6G516730跟bhlh114比较近这种情况下我该选择112还是114呢？

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老师您好我用咱们线下课程的代码做WGCNA，和样品数据相比，我自己的数据在第一步输出的结果都不一样。麻烦老师帮忙解答一下

  • 欢 2020-05-19 22:30