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在singularity中复现遗传进化中数据过滤时出现以下信息导致clean.vcf.gz大小不符合demo

  • WHR 2024-03-04 16:56
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群体分析下载的文件里面没有dadi分析的代码和脚本

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求助，进入docker数据分析是设置共享文件出现问题

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重测序circos运行失败

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非模式物种建立注释库问题

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WGCNA分析生成的单个模块txt文件非常大，请问老师有没有什么好的方法能打开？以及找到的如下代码如何使用？谢谢

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16s分析导入数据遇到同样的问题，请问您解决了吗?

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二代数据质控

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有40个样本的基因型（重测序结果）、表型数据。可以做什么分析？

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有参转录组分析

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重测序比对

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30 533个品种先根据盐浓度下发芽率，初步在盐胁迫下挑选120个具有不同发芽时间的品种（不发芽的品种忽略，会导致出现重复表型），然后进一步进行详细表型分析（增加测量性状，如根长、芽长、光谱性状），然后做GWAS关联。

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如果是基于已知的两个遗传位点，用GWAS分方法的目的是研究这两个位点随时间序列的跟踪，处于这样的目的40个品种够吗，出于这样的目的的话对品种数量有要求吗？

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求助：叶绿体基因组测序深度覆盖图的画法以及相关脚本。

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WGCNA中过滤低表达量（0.5）时datExpr0=datExpr0[1:n,datExpr0[n+1,] > meanFPKM]不成功，且变量从上步30769变成了0. ？

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利用单拷贝直系同源基因蛋白序列做分歧时间树mcmctree

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rJava 安装包错

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这个命令可以一条一条分开执行嘛？

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WGCNA分析中，导入txt的性状数据时（数据为12行样本，10列性状数据），报错Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 1 didot have 12 elements。但是数据如果是12行样本，8列性状，不会报错

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samtools index 遇到的问题，是否正确？