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串联重复基因分析

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基因家族分析课时20 比较基因组学分析最后一步生成图片时出现这个错误，无法生成图片

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老师好，我在做课时20 比较基因组学分析时 最后生成的图有9个染色体无法生成对比

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5 基因家族成员如何取舍，命名？如何查找外显子和内含子结构？

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老师好，我在做课时20 比较基因组学分析时 在/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH Zj --cscore=0.7这一步出错，换下一个物种生成anchors文件为空，请老师指点

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做某基因家族共线性分析产生.collinearity 和.tandem这两个文件，但是.collinearity文件是空的，另一个不是空的，这说明什么呢

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5 基因家族分析 hmmer 第四讲

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老师好，我在做课时20 比较基因组学分析时 在/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH Zj --cscore=0.7这一步出错 请老师指点

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在进行KAKS计算时出现不报错，但结果文件是空的现象

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5 绘制circos提示错误

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5 问一下老师 做基因家族分析 用新生成的hmm文件做hmmsearch 报 TC bit thresholds unavailable的错

  • .、 2018-12-20 11:37
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我做circos图的时候发现因为两个基因距离太近因此没法显示全，只显示一个，请问我除了视频教学的方法手动添加还有别的办法吗，我想通过调config的参数来达到这个目的，但是不知道怎么调

  • 2018-12-18 23:02
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绘制转录本图，无法提取文件

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老师，麻烦您帮我看一下我在做共线性分析时用到vlookup, 方法跟您的一样，就是筛不出来

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5 麻烦求助，在使用ncbi_gff_2_Ensembl_gff.pl这个脚本的时出现报错显示：cant find the string terminator "Usage end"...in line 10

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5 老师，我想问一下，我在预测顺式作用元件时，在提取出来的基因上游1500bp的文件中，有的基因是这样的

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5 用ncbi搜索pfam号 为什么没有 出来的是pmid 怎么办 文章也没有pfam号

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15 MCScanX family_circle_plotter 运行错误

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老师，我想问一下共线性分析时family.txt中的染色体实例上是at1,2,3,4,5，那这个数据是根据基因家族的ID代表的每条基因所在的位置得来的吗，如果我研究的物种基因家族分布在12条染色体上，那我就要写成1,2,3,4,5.....12，是这样的吗

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老师您好，我发现基因家族课程里共线性分析只有基因组内的分析，没有基因组间的分析操作实例演示，二者操作起来有什么注意的吗