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5 基因家族成员如何取舍，命名？如何查找外显子和内含子结构？

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老师好，我在做课时20 比较基因组学分析时 在/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH Zj --cscore=0.7这一步出错，换下一个物种生成anchors文件为空，请老师指点

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做某基因家族共线性分析产生.collinearity 和.tandem这两个文件，但是.collinearity文件是空的，另一个不是空的，这说明什么呢

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5 基因家族分析 hmmer 第四讲

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老师好，我在做课时20 比较基因组学分析时 在/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH Zj --cscore=0.7这一步出错 请老师指点

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在进行KAKS计算时出现不报错，但结果文件是空的现象

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5 绘制circos提示错误

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5 问一下老师 做基因家族分析 用新生成的hmm文件做hmmsearch 报 TC bit thresholds unavailable的错

  • .、 2018-12-20 11:37
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我做circos图的时候发现因为两个基因距离太近因此没法显示全，只显示一个，请问我除了视频教学的方法手动添加还有别的办法吗，我想通过调config的参数来达到这个目的，但是不知道怎么调

  • 2018-12-18 23:02
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绘制转录本图，无法提取文件

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老师，麻烦您帮我看一下我在做共线性分析时用到vlookup, 方法跟您的一样，就是筛不出来

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5 麻烦求助，在使用ncbi_gff_2_Ensembl_gff.pl这个脚本的时出现报错显示：cant find the string terminator "Usage end"...in line 10

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5 老师，我想问一下，我在预测顺式作用元件时，在提取出来的基因上游1500bp的文件中，有的基因是这样的

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5 用ncbi搜索pfam号 为什么没有 出来的是pmid 怎么办 文章也没有pfam号

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15 MCScanX family_circle_plotter 运行错误

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老师，我想问一下共线性分析时family.txt中的染色体实例上是at1,2,3,4,5，那这个数据是根据基因家族的ID代表的每条基因所在的位置得来的吗，如果我研究的物种基因家族分布在12条染色体上，那我就要写成1,2,3,4,5.....12，是这样的吗

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老师您好，我发现基因家族课程里共线性分析只有基因组内的分析，没有基因组间的分析操作实例演示，二者操作起来有什么注意的吗

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老师，我想请教一下做共线性分析遇到这种情况是什么原因呢

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5 利用hmmer软件鉴定基因家族成员，用的1e-20搜索，没有找到相应的domain

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5 老师好，通过拟南芥蛋白序列获得的隐马尔科夫模型文件可以用在别的物种上吗？