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基因家族全基因组文件如何选择？条目太多，不知哪个是教学中讲解的protein.all文件/cds.all文件/cdna.all文件？还望老师讲解一下每个文件中具体包含的是哪些信息？衷心感谢！

  • Tong 2019-01-10 21:12
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3 我用CIRCOS画图，文字标签叠加了要怎么弄到同一水平？

  • 2019-01-09 17:12
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5 利用蛋白ID获取基因ID时 所获得文件少一列

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5 关于基因家族中的串联重复基因的删选、Ka/Ks的计算、串联重复基因Circose图的分析有相关的文献吗？

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hmm搜索到的基因特别多怎么办？E值选择有什么样的要求

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输入绘制circos图时出现错误

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老师，我在用比较基因组学方法做两个物种之间的共线性分析时，是可以筛到某一种基因家族在两个物种中对应的共线性的，但是用下面这种方法做是做不出来某一基因家族在两物种之间的共线性关系的

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计算串联重复基因的KA/KS出现以下问题

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老师，我在看菠萝的WRKY基因家族分析时，在看到基因组间共线性分析时有个词orthologous pairs不懂是指啥意思，原本我以为指的是红线菠萝WRKY基因家族，但是貌似不是这样的，请老师指点迷津

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预测基因顺式作用元件，提取序列失败

  • 2018-12-29 21:39
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串联重复基因分析

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基因家族分析课时20 比较基因组学分析最后一步生成图片时出现这个错误，无法生成图片

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老师好，我在做课时20 比较基因组学分析时 最后生成的图有9个染色体无法生成对比

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5 基因家族成员如何取舍，命名？如何查找外显子和内含子结构？

1 解决

老师好，我在做课时20 比较基因组学分析时 在/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH Zj --cscore=0.7这一步出错，换下一个物种生成anchors文件为空，请老师指点

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做某基因家族共线性分析产生.collinearity 和.tandem这两个文件，但是.collinearity文件是空的，另一个不是空的，这说明什么呢

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5 基因家族分析 hmmer 第四讲

1 解决

老师好，我在做课时20 比较基因组学分析时 在/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH Zj --cscore=0.7这一步出错 请老师指点

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在进行KAKS计算时出现不报错，但结果文件是空的现象

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5 绘制circos提示错误