5 请求帮助!

利用hmmbuild WRKY_domain_new.hmm WRKY_domain.aln命令建立新的hmm。

利用hmmsearch --domtblout WRKY_domain_new_out.txt --cut_tc WRKY_domain_new.hmm Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa命令获得的WRKY_domain_new_out.txt文件,如下图:

图1

attachments-2019-04-UM3D5ope5cab4ce4a3706.jpg

图2

attachments-2019-04-JBI4yxGp5cab4d369c5b1.jpg老师分析完,此WRKY_domain_new_out.tx文件中有图2 的描述部分。

在棉花的gff文件中,我也利用老师的脚本只获得图1的内容(如图3),但图2描述部分是空的(如图4),不知是什么原因,请老师给予解答!

图3

attachments-2019-04-qZvzpMI75cab4e4b89f74.jpg图4

attachments-2019-04-phGmv2HG5cab4e81252cc.jpg




请先 登录 后评论

2 个回答

Daitoue

描述信息好像是来着蛋白序列文件里面的,也就是hmmsearch部分输入的Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa, 如果输入的这个文件序列ID 行没有这些描述信息,在结果文件里面也会没有,而这些信息在gff文件里面不一定有的哦~ 你找一个基因分别到两个文件查找验证看看,我记得好像是这样。

请先 登录 后评论
omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

这部分描述信息不重要,忽略就行,不影响分析;

请先 登录 后评论