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meme问题

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5 基因家族转录组数据

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5 老师，我的gene-ID和mRNA-ID用mRNAid_to_geneid.pl提取不出来，是一整行不是好几列，是什么情况，您帮我看看这个要怎么弄？

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老师，我想问一下，怎么将多个物种一起构建进化树。比如说构建向日葵，水稻和玉米的nbs基因家组的进化树。

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如何筛选阈值来作为潜在的成员来做第二次的hmm筛选

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如何用hmmer软件中的hmmbuild程序构建MAPK的隐马尔科夫模型（HMM）

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3 基因串联

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老师，两个物种间共线性分析报错了，该怎么解决呢

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请教一下，可否用一个物种基因家族的保守结构域序列和另一个物种相同基因家族的全部序列用NJ法建树？

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糖苷水解酶家族1 在茶树染色体的定位图

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5 老师您好，我在circos作图时，显示基因基因数目超出最大值怎么办呢？max_link要怎么设置呀？

  • 2019-03-16 22:23
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请问，我在做基因在染色体定位时，出现了一下的情况，染色体显示不全，是怎么回事？

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5 基因家族分析疑问

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请问一下用circos画基因组共线性图时，genome.blocklink.txt这个文件是怎么来的呀（和MADS.link.txt一样吗）？

  • yige 2019-03-14 16:59
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我在文献中读到这么一段话，是关于某一基因家族在某植物各个组织器官中表达的，请老师帮我看看这是怎么做的

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5 磷酸转运蛋白家族（PHT1）在Pfam上关键字搜不到pfam 号，在文章中也没有提到，请问这个家族有隐马尔可夫模型么？

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基因家族后续实验部分，我看您提到说做转录组绘制热图，再筛选一些基因做qPCR，可是老师您说的转录组就是那个送公司要花一些钱做的那个转录组数据吗？如果是那个会不会成本太高了，我看大部分文献里只做qPCR

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关于如何确定segmental duplication events

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我想问一下基因家族分析后续实验添加部分，只做一种胁迫处理，然后做qPCR，看每个基因的表达量，这样补这个实验部分可以发sci吗？因为我发现一般基因家族分析文章至少都会做两种处理然后看基因表达量

3 解决

5 我今天使用OrthoMCL的第5步（处理blast产生的结orthomclBlastParser blastresult compliantFasta > similarSequences.txt果-），出现了这样的问题，不知道怎么解决