MEME就运行脚本的时候，其中的maxsize 指最大输入文件的字符数，maximum dataset size in characters，这个是指多少b吗，6000000是指文件最大6M，单位是什么？时间的最大值单位是秒吧？，motif的个数最小长度一般是多少？有什么参考的吗，最大长度是多少，这个长度的单位是什么，多少b，还是多少kb？

/biosoft/meme/meme-v4.12.0/bin/meme ../WRKY_pep_confirmed.fa -protein -oc ./ -nostatus -time 18000 -maxsize 6000000 -mod anr -nmotifs 10 -minw 6 -maxw 100

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分类：基因家族分析

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omicsgene - 生物信息 2021-01-28 16:57

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

-minw 6 -maxw 100 这个两个参数设置motif的长度范围单位时bp，这个长度范围可长可短，得根据家族特点进行设置，建议看文献设置参数；这个参数适合大多数基因家族；

-time 18000 -maxsize 6000000 这个两个参数一般不用改，如果报错了，显示时间，或者file size 大小报错，可以把这个两个参数调大，本身这个参数已经调的很大了，一般不用调；

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