3 GWAS分析时,基于不同模型分析结果P值计算的膨胀系数相差很大,请问这是什么原因导致,该如何解决。

您好,我在做GWAS分析的时候,使用了MLM、FarmCPU和Blink三种模型,从QQ-plot图看,MLM拟合较好且膨胀系数为1.02,但FarmCPU和Blink都出现了较早的上偏,膨胀系数都大于1.2。我已经将PCA前5个主成分作为协变量进行群体结构校正了,请问出现这种情况可能的原因是什么,该怎么解决。另外,我看到一种方法叫Genomic control可以用膨胀系数对P值进行校正,但这是对结果的校正,有分析的准确性有多大意义呢?还请不吝赐教,万分感谢!

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  • JIE 提出于 2022-06-18 10:02

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