GEOquery 下载不了数据

if(F){
  library(GEOquery)
  eSet <- getGEO('GSE112093', destdir=".",
                 AnnotGPL = F,
                 getGPL = F)
  save(eSet,file='GSE112093_eSet.Rdata')
}
load('GSE112093_eSet.Rdata')
b = eSet[[1]]
raw_exprSet=exprs(b)
phe=pData(b)
library(stringr)
group_list= str_split(as.character(phe$title),' ',simplify = T)[,1]
save(raw_exprSet,group_list,
     file='GSE112093_raw_exprSet.Rdata')

这是生信大佬的代码 我只改了GSE数据集,但是就提示下载不了,但是原代码上的数据集是可以下载的。错误提示如下:Error in readChar(con, 5L, useBytes = TRUE) : 无法打开链结 此外: Warning message: In readChar(con, 5L, useBytes = TRUE) :   无法打开压缩文件'GSE112093_eSet.Rdata',可能是因为'No such file or directory'

恳请大佬解答!


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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

F改成T试试:
attachments-2020-10-4DvjciFD5f8e6e4c44d32.png

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新矛

能行了 谢谢大佬帮助!但是知其然不知其所以然,请问为啥能行呢?

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