老师,我要绘制这个图。现在我不知道SV类型,我看demo中06文件的All.final.sv明确指出了SV,而我的文件是这样的
检查一下原始泛基因组结构变异结果vcf文件all_merge.vcf,里面第5列ALT跟示例数据有区别。这列如果不能明确指出变异类型的话,可以根据截图中的变异位置去all_merge.vcf中找到具体变异类型
老师,您的意思是不是我可以直接在all_merge.vcf中搜索6503539就行。如图,说明JG01G0015900的变异类型为缺失,长度为SVLEN值?再就是这个缺失的位置是在目的基因的前面还是后面啊,这个咋确定?