给进化树标定化石时间

进化树(Phylogenetic Tree)是一种用来表示生物之间进化关系的树状图。在进化树中,每个分支点(节点)代表一个共同祖先,而每个末端的分支(叶节点)代表现存或已灭绝的物种。给进化树标定化石时间,即在进化树上标注时间点,为进化树提供了一个时间框架,便于超度量树的构建

进化树(Phylogenetic Tree)是一种用来表示生物之间进化关系的树状图。在进化树中,每个分支点(节点)代表一个共同祖先,而每个末端的分支(叶节点)代表现存或已灭绝的物种。给进化树标定化石时间,即在进化树上标注时间点,为进化树提供了一个时间框架,便于超度量树的构建

1. 化石时间哪里找?

TIMETREE这个网站收录了很多人研究的,包括化石和其他分子证据等等,以及推断出来的某两个物种的分化时间。所以我们一般使用这个网站去了解物种分化的化石时间。

网站地址:https://timetree.org/home

网站可以进行两个物种/大类分化时间的查找、单个物种演化历程查找,也可以投入多个物种查询不同物种之间的分化时间。以单子叶和双子叶的查询结果为例子展示该网站的结果。

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① 一个中位时间和矫正之后的时间,都是160百万年,这里还给了个范围,就是142.1-163.5百万年,自己标定的话在这个时间范围内都可以

② 黑点表示的是前人的研究,大部分人的研究都集中在120百万年到213百万年之间

③ 表示的是地质年代,有白垩纪、侏罗纪等等

④ 陨石撞地球,陨石越大圈圈越大

⑤气候条件,黄色是氧气浓度,橙色是二氧化碳浓度。红色是光照条件

2. 树文件的nwk文本格式

通常我们看到的进化树可能就是分枝图形式的,其实也可以储存为特定格式的文本文件。最常见的是nwk格式的树文件,他采用一些括号、逗号、冒号等等和一些枝的名字来记录树的信息。不同的枝之间用逗号“,”分隔;枝长紧跟在枝后面,采用冒号“:”分隔;同一cloud采用括号“()”组成整体


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3. 如何把化石时间加入到树文件当中?

在想标定的节点后面以单引号加上时间范围。需要注意的是,如果后续需要使用mcmctree进行超度量树的构建,由于mcmctree的单位是100个百万年,所以需要把查询到的N Mya除以100。

通常时间范围会是查询的矫正时间±0.4个100百万年,比如我查询到的可可和拟南芥的分化时间是117 Mya,那就写作'>1.13<1.21',也可以写作'@1.17'

原进化树:

(Oryza_sativa,((Nelumbo_nucifera,(Aquilegia_coerulea,Papaver_somniferum)),((Vitis_vinifera,(Theobroma_cacao,Arabidopsis_thaliana)),(Beta_vulgaris,(Helianthus_annuus,(Coffea_arabica,Solanum_lycopersicum))))));

标定后进化树:

(Oryza_sativa,((Nelumbo_nucifera,(Aquilegia_coerulea,Papaver_somniferum)),((Vitis_vinifera,(Theobroma_cacao,Arabidopsis_thaliana))'>1.13<1.21',(Beta_vulgaris,(Helianthus_annuus,(Coffea_arabica,Solanum_lycopersicum))))));

  • 发表于 2024-07-10 17:43
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  • 分类:遗传进化

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Ti Amo
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