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MEGA构树NJ法出现的问题

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老师你好，在家族分析中，用tiquxulie.pl脚本提取序列时，总是报错，看了前面他们做的，我拆成每条染色体进行提取，但还是不行

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mcscanx

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你好，家族分析时要求把序列和进化树上传到tree base数据库中，有上传过的吗？

  • we 2021-07-26 16:21
1 解决

50 老师你好，在家族分析中，用get_gene_weizhi.pl脚本提取序列位置时，每次提取的都是空文件，后来发现蛋白的ID和基因的ID不同，不知道怎样解决希望老师指点一下，不胜感激！！

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老师，我在用TBtools做共线性的时候orange_NAC_genePos.tab.txt这个文件不合适，该咋解决

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老师，在做共线性分析的时候，如何把基因ID放在圈图的外面

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无法下载MCScanX-transposed

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老师，我在做进化树，motif,基因结构图的时候出现下面的问题，该如何解决

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老师，我在做基因结构的时候后面的基因ID先显示出了内含子（红线部分），这种情况合适不

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老师，我在做共线性的时候遇到下面的问题，该如何解决

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获取基因与mRNA的对应关系，注意文件中的位置mRNA的位置； #perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt

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老师，我在做基因结构图的时候出现下面的问题，该如何解决

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老师，我在做染色体定位的时候，出现这种情况，该如何解决，配置文件找不到问题

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NBS基因家族进化树构建的时候，为什么有些同类（具有相同的结构域）如具有RPW8结构域的基因不是都聚在附近的一个分支上？

  • 2021-06-24 23:56
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命令

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20 请问一下基因结构图不显示UTR是啥原因？这个图做成这样正常吗？

  • 2021-06-05 11:28
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一个基因家族得到两个结构域的ID，然后把两个ID合并去除相同的ID，得到一个新的ID文件保存为fasta形式，传到pfam数据库中，得到一个文件，怎么筛选得到同时具有这两个保守结构域的ID。

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请问老师基因家族表达量通过NCBI SRA数据库下载转录组需要下载三次重复分析吗？

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请问在NCBI上使用CD-search检测蛋白的保守结构域，怎么看它是不是完整?