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利用gff文件提取基因结构，结果文件是空的

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绘图命令报错，layout文件也没有空行，请问老师是什么问题呢？/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.graphics.karyotype --format=pdf --figsize=15×5 mcscan_seqid.txt mcscan_layout.txt

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做基因家族的表达分析，有几个基因没有表达数据，该怎么处理，画热图的时候是建议不展示这几个没有表达数据的基因，还是把这些没有表达数据的基因用0表示

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老师你好！用拟南芥和目标物种的bhlh基因家族成员建树，进化树构建过程中，提示在检验的时候有几条序列失败了，这样构的树可以用么

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运行/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog RUF SAT --cscore=0.7这个命令时出现错误，怎么解决……

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老师，下图是我的gff，文件，看着和您在视频讲的不一样，是不是需要转化一下格式，或者修改一下脚本？

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利用gff文件提取基因结构时，运行完程序，遇到如图所示的问题，老师能给解答一下吗？下面图使用老师视频中拟南芥中的数据做的，结果如图

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利用gff文件提取基因结构时，运行完程序，遇到如图所示的问题，老师能给解答一下吗？

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老师，用GSDS２.０把基因结构和保守基序绘在同一张图里（像下面那张图一样），“Gene Features （基因位置信息）”和“Other Features to Display (保守基序)”需要以什么样的格式输入呢？

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比较基因组学共线性

  • 荣 2020-08-15 14:30
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我购买了你们基因家族分析的视频，但是看不太懂，有更详细的共线性分析配置文件的准备吗？

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比较基因组学共线性分析

  • 荣 2020-08-15 01:55
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mcscan共线性分析

  • 荣 2020-08-14 23:19
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老师，比如说我要做两个物种基因家族的对比分析，那我要不要选一个中间物种与这两个构建成一个进化树进行对比？

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5 提取保守结构域

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kaks计算

  • 荣 2020-08-12 10:37
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老师，像下面这种同一位置有两种顺式作用元件的情况(两种元件全部或部分重叠)，是取矩阵得分高的那1个吗？

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请问一下在做mcscan分析的时候pep.fa文件里只有3w多条蛋白序列，后面得到的AT.collinearity文件里显示9w多基因是什么意思啊？

  • 荣 2020-08-10 12:50
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基因家族分析Mcscan分析时，无法提取蛋白序列。

  • 荣 2020-08-07 09:56
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老师您好! 我用get_gene_gff.pl提取基因在染色体上的位置信息时，得到的结果文件没有第一列基因ID，并且数量多出来了好几千，我的基因只有一百多个，请问老师这种该怎么处理呀? 我改了ID=gene为ID=也一样没有用