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5 clean_result结果是空的

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5 老师，我用的拟南芥示例文件，完全按照老师讲解的步骤，但是在新构建.hmm文件后，再用hmmsearch搜索家族成员时报错是怎么回事？

  • liu 2019-01-13 21:34
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5 老师你好，我想问下，在做基因家族分析时，我的无参转录本里的unigene是核苷酸序列，不是蛋白质序列，这种情况应该怎么办呢？

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5 你好，请问你是做无参转录组基因家族分析吗？我想请问下，你做基因家族成员鉴定时，用的哪个文件，我看到那个课程里用的是蛋白质序列，但是我的转录本unigene里面是核苷酸序列，请问你是用什么文件做的基因家族成员鉴定呢？

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8 氨基酸序列比对之后，gaps太多，mega一直出错，删除之后依然如此，如何很好构建系统发育树

  • 2019-01-11 23:02
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5 老师好，在基因家族分析课程视频里，鉴定基因家族成员时，里面实操用的是基因组的蛋白质序列（pep文件），然而我自己的实验数据是无参转录组，我想问下，我应该用什么文件来鉴定基因家族成员呢？我看到之前有类似问题的答案是unigene或者蛋白质序列，两者有什么区别呢？

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3 我用CIRCOS画图，文字标签叠加了要怎么弄到同一水平？

  • 2019-01-09 17:12
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5 利用蛋白ID获取基因ID时 所获得文件少一列

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5 关于基因家族中的串联重复基因的删选、Ka/Ks的计算、串联重复基因Circose图的分析有相关的文献吗？

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5 基因家族成员如何取舍，命名？如何查找外显子和内含子结构？

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5 基因家族分析 hmmer 第四讲

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5 绘制circos提示错误

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5 问一下老师 做基因家族分析 用新生成的hmm文件做hmmsearch 报 TC bit thresholds unavailable的错

  • .、 2018-12-20 11:37
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5 麻烦求助，在使用ncbi_gff_2_Ensembl_gff.pl这个脚本的时出现报错显示：cant find the string terminator "Usage end"...in line 10

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5 老师，我想问一下，我在预测顺式作用元件时，在提取出来的基因上游1500bp的文件中，有的基因是这样的

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5 用ncbi搜索pfam号 为什么没有 出来的是pmid 怎么办 文章也没有pfam号

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15 MCScanX family_circle_plotter 运行错误

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5 利用hmmer软件鉴定基因家族成员，用的1e-20搜索，没有找到相应的domain

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5 老师好，通过拟南芥蛋白序列获得的隐马尔科夫模型文件可以用在别的物种上吗？

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5 meme中motif site和scanned site