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老师 就是 您在重测序课程里面里面用vcftools工具过滤和群体遗传过滤的条件有一点不一样 那个才是对的或者两个都对 我截屏放一次下面啦 您看一下

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服务器连接断网

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群体遗传分析数据过滤

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老师我在做泛基因家族分析里面的泛基因列表构建，生成last.txt文件非常慢，帮忙修改命令

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重测序BWA比对率低

  • BJFU 2024-12-30 08:50
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这个脚本如果直接从ensamble下载cds和pep还需要去提取吗，是不是可以直接转换格式

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vcftools 过滤等位基因。 老师，用的同样是vcftools过滤indel snp后生成的vcf.gz，然后进行等位基因过滤，生成文件很小是为啥啊，我看过滤条件也不严格啊

  • Max 2024-12-21 21:52
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SoupX去除污染RNA

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命令行复制

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在运行table_annovar.pl脚本的时候报错

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宏基因组预测后使用salmon计算物种丰度的TPM值可以直接相加吗？

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3 为什么我的WGCNA分析运行到这一步就卡住了，但是显示分析中，WGCNA分析如何筛选数据啊，恳请各位大佬帮帮忙

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重测序

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宏基因组单独组装后的contigs需要注明来源以构建基因丰度表，混合组装呢

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构建泛基因列表，提取最长转录本这一步，运行几个小时之后没有结果是怎么回事？

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代谢组富集分析时文档07.all_keggid.txt里是某个模式物种的全部代谢物还是公司检测出的所有代谢物？还有富集分析一般p值就可以吗

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5 单细胞测序进行拟时分析绘制细胞骨架图

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重测序

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比较基因组构建进化树，通过seqkit进行序列合并时内存爆满导致kill

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binning 想做功能注释，但还是不知道该用哪些文件进行基因预测和功能注释？