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关于代谢组学的原始文件处理

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提取出来的泛基因也太少了，这样对吗？泛基因编号不是说两个以上基因组才有编号吗，为啥只有一个呀

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老师，我在提环基因序列cds以及pep时出现了插件报错的情况，检查过文件了，都有的。想问问是什么问题？而且您看我的那些中间文件，总是会出现某个txt文件内容为空的情况，只要不用拟南芥的，就会这样

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koeken报错

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summarize_taxa.py缺少脚本

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生物信息学入门看点啥

  • 2024-08-31 15:48
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能使用mummer进行基因组组装的辅助挂载吗？如果可以，能分享一下流程吗？

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老师，在pca分析作图中需要分组文件，如果我的群体没有分组文件，那么应该如何确定分组，是先用structure分析确定最佳分组后再做其他的pca和进化树吗？

  • WHR 2024-09-11 17:51
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什么都没动呀，data怎么变成这样了

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seqclean出错

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老师您好！我在使用ParaAT是报错，提示Generating homologous group files for alignments: 0，请问这个如何解决？

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在T2T基因组直播课程中基因组hic挂载染色体部分，老师说对于高杂合基因组还需要用一个软件过滤等位基因假信号，是什么软件，我没听清；还有个问题如果只用nextdenevo进行数据校正不组装，那么校正后的数据在哪个文件夹？

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结构变异注释步骤生成文件为空

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gset = getGEO(GEO='GSE12417', destdir=".",getGPL = F) 下载不了这个GEO文件，应该如何处理？

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请问老师，泛基因家族的数量是根据什么定的啊，如果说几个基因组共有的加上单个基因组独有的话，怎么还会有的基因不存在任何一个基因组呢？

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3 在进行转录组分析时，在自己的服务器上怎么使用以下命令，请老师帮忙解答；（没有root权限，docker镜像用不了，想在外部自己的服务器中使用）

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docker创建共享文件夹失败，docker run rm it -v D:\gwas anlysisl:work omicsclass/pop-evol-gwas:v1.2命令后出现invalid reference format怎么解决

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5 picard生成dict文件失败

  • BJFU 2024-09-26 21:50
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putty 跑保留最长转录本，跑了一两个小时后突然没反应了，出现inactive

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20 用enrichGSEA和用官方GSEA软件跑出的多条通路都是相反的，是为什么呢