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老师，就是我组装叶绿体基因组，组装出来怎么是这个鬼样子啊，而且只有embplant_pt.K105.scaffolds.graph1.1.path_sequence.fasta，没有1.2， 这是什么问题呀

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蛋白互作分析，Orthovenn3选择内容太多，不知道选啥？

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下载HMM模型

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eggnog_file_process.r好像就是将同一功能下不同基因直接相加

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老师，想问一下您，用blastp方法做基因家族成员鉴定时，鉴定到了51个成员，其中有几个成员的蛋白序列相似性大于98%，但是位于不同染色体上，这种是否需要删除多余的，只保留一条就够了？

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泛基因家族-热图

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windows安装Aspera Connect软件

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根据组装后基因做的物种注释，还需要做稀疏曲线吗

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tgsgapcloser 如何控制minimap占用的内存

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存在缺失分析

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不同物种之间的共线性分析，出现问题，望解答、谢谢

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kneaddata里的trimmomatic的接头文件是通用的吗

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The CDS sequences do not match the gene sequences.

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老师，我的Fam_gene.list、PAV_draw.list、PAV_gene.list都正常，但是pav图出现了异常，只有两个PHY基因

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hic挂载时，选用那个内切酶

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run_pipeline.pl -Xmx5G -importGuess clean.sorted.vcf.gz \ -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter这条代码跑不出来，报错原因如图所示，

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10 空间转录组分析非模式物种参考基因组构建

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SV与家族基因的保守结构域分析

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#保留蛋白编码基因

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kneaddata做质控的时候，服务器卡死了，用trimmomatic+bowtie2分开跑是可以的吧