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老师，拟时序基础初步分析时，运行以下代码时Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle3.r --rds ../04.cell_type_ann_leaf/leaf.added.celltype.qs \ --use.seurat.umap --groupby mycelltype -o monocle3.1 --cpu 6，出现图中报错，是因为聚类分群的时候resolution值太低了吗

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泛基因家族分析

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bash:docker:command not found是什么情况，还有就是根据我这个目录如何运行docker run --rm -it -v /share/work/huangls/piplines/omicsclass/pop-evol-gwas/scripts/:/work/scripts -v /share/nas1/huangls/test/gwas_rice:/work omicsclass/pop-evol-gwas:v2.0这条命令，怎么进行修改

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lefse分析细节

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求老师解答，docker run 出错

  • Oho 2025-04-20 11:38
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泛基因家族分析

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使用独享服务器A，256G内存，hifi组装t2t基因组（基因组1g，hifi测序60x），命令运行很久后，竟然自动kill，是内存不够吗

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nextpolish报错

  • _He. 2025-07-08 01:11
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linux终端如何打开一个应用的GUI

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我想问一下在进行WGD分析时，要算复制时间，基于物种进化速率的公式：The divergent time of the whole-genome triplication (WGT) event was calculated using the formula divergence dateKs / 2r.

  • jpq 2025-05-26 15:37
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老师，合并后的VCF文件，现在有几品种不想要了，如何从总的VCF文件中删除这几个品种的数据

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为挂载到染色体上的基因家族成员能否绘制基因在染色体上的定位图？

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Te amo老师 就是 我在做共线性分析哪里，遇到下面这个问题，就是遇到生成的*.axt文件是空的，然后报错我截屏在下面啦，您帮我看一下嘛 谢谢，上面的那个问题我已经解决啦。

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老师，您好，我在运行gatk的HaplotypeCaller时主脚本通过 SLURM 调度系统提交作业，使用 GNU Parallel 并行处理多个样本并调用 HaplotypeCaller 脚本，目前运行了约六七个小时，我的工作日志.err和.out都为空这是正常的吗？

  • Geő 2025-05-14 17:06
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我用gemma做小麦的gwas分析，到最后一步生成曼哈顿图时出错，是因为参考基因组的染色体编号与基因型数据对应不上吗，应该怎么老师解答

  • 2025-07-10 03:28
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请问这样的QQ图说明GWAS结果是否合适的呢？

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想获得某个染色体序列，命令是啥？

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三代HIFI数据的格式

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Error response from daemon: Get "https://index.docker.io/v1/search?q=omicsclass&n=25": dialing index.docker.io:443 container via direct connect

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对宏基因组的分类和功能数据去除低丰度数据时，论文中经常采用0.1%,0.01%或者不说明，我可以采用其他取值不在文中说明吗