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用ALLHIC挂载出现报错

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老师您好，我用plantcare分析顺式作用元件时，只要一上传文件就报错，上传文本（一条序列）的话能正常出结果，不知道这是什么情况

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GATK 很慢，怎样分染色体CALL 变异

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基因家族一个基因的两个结构域序列重叠

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docker search omicsclass中没有pop-evol-gwas:latest了

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物种注释出现killed,我调了参数还是出现这个问题，除了用台式机或者服务器之外还有别的办法吗？

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老师您好！我是组学大讲堂基因家族分析课程的学生，请问现在omicsclass的镜像是不能拉取了吗，里面的gene-family镜像是不是删除了，怎么找不到了。

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老师，我想知道我在用你们演示的玉米数据提取cds和pep的脚本为什么都运行不对，第一个我是用了你们给的TransDecoder下载地址。第二张图用5.7版本的自己的数据是输出空文件

  • aa1 2025-01-08 19:57
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泛基因家族分析cds提取出现killed

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想请教一下，我是基于windows+docker做的宏基因组注释，然后在去宿主这一步，卡住了 不知道为啥 一直不动

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20 请教一下TCGA的蛋白数据怎么理解，它是有正负值的，这个正负值代表什么意思，为什么蛋白表达会有负值？我只想给它分成高表达，低表达和表达缺失组应该怎么处理呀？

1 解决

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  • 2024-12-31 12:09
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重测序遗传变异过滤

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根据覆盖度及比对率如何剔除样品、gatk VariantFiltration过滤

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hmmsearch 关于参数--cut_tc设置

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cnvpytor 不运行

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hmmsearch出现Segmentation fault (core dumped)

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GWAS分析

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参考基因组这个docker怎么练到filezilla，为什么我没法安装openssh或者filezilla，我应该怎么做

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泛基因，SV ，VCF文件格式为4.2 ，没有课程里要求的SUPP_VEC和SVLEN信息，怎么改？会影响后面分析吧？