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gwas分析报错

  • Jay 2024-11-07 15:40
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GWAS分析

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泛基因家族分析分析 pav中统计样本数量

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怎么从全部的300份重测序数据的vcf.gz文件中抽出自己的想要的200份数据

  • Max 2024-12-19 17:16
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hmmsearch 关于参数--cut_tc设置

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03.PAV 提取物种独有的家族基因时，出现killed ，不能进行代码操作

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已经windows系统里下载了docker 也打开了，但还是运行不了. doc.sh

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比较基因组镜像无法加载

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重测序遗传变异过滤

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单倍型分析

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问题1：这是我按照咱们视频里的方法做的Lefse，但它没有上面的小写英文字母，a,b,c,d,等的图例，请问如何添加呢，我看发表的文章中都是有图例的，如何改成第二张图这样呢，右上角标有细菌名字的图例。问题2：第三图中有other，请问这个直接在特征标里面更改吗，删掉注释为other的，这样可以吗，请老师解答，谢谢！

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请问，我弄了一个256线程，1t内存的服务器，想处理500G的宏基因组注释，大概需要跑多少天，全套下来

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老师，麻烦您解答一下

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PASA_update时出错

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单细胞测序数据两个子集合并

  • Zzz 2025-04-27 17:18
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infercnv error in readrds(reload_info$expected_file_names[[i]]) : error reading from connection calls: <anonymous> -> readrds execution halted

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老师，找结构域是否存在是怎么看呢？比如我用代码跑出来了ID，去NCBI上上传文件后出来他能检索到的ID，是只要他显示出来能检索到就可以吗？还是一个个查看具体的信息？我要做一个Lipoxygenase家族，但是有一些基因显示的并不是这个家族，而是另一个PLN02337 superfamily，是因为我的目标家族是PLN02337 superfamily中的一个亚族吗？可以这样理解吗？因为我做的这个家族好像确实是从一个超家族里的小家族。

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重测序文件中的data data 文件打不开

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SRA下载

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mcsanx作图问题