我想下载山羊基因组去做泛基因组分析,发现NCBI 有些山羊的基因组没有gff文件,我想知道怎么能获取或者生成gff文件。比如下面的这个基因组:
我问豆包,豆包告诉我下面的方法,这个方法可行吗?还别的方法没有?
1. NCBI没有gff是因为作者没有上传,可以发邮件给通讯问询。NCBI的gbff无法转为gff。2. liftoff本质上是同源查找。如果不是同一个品系,可信度会打折扣。3. 根据基因组序列进行蛋白编码基因注释耗时长,我们基因组组装注释的课有讲。如果你标准比较低可以参考豆包给的liftoff方案,需要先用泛基因组课程里面的序列比对找到序列之间的对应关系,然后去做liftoff。