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空间转录组数据预处理

​空间转录组简介 空间转录组，顾名思义，是在转录组的基础上加上了空间位置信息。如果不借助空间的技术,我们的转录组一般是粉碎组织到细胞层级或者更低的rna碎片层级,而进行sc RNA或者Bulk...

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  • 发布于 2024-07-02 15:56
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eQTplot包绘图报错解决：“Caused by error in `db_collect()`”

解决dbplyr和BiocFileCache不兼容导致eQTplot包绘图时报错的问题

单细胞转录组数据挖掘流程记录-CRC直肠癌(GSE178341)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-CRC直肠癌(GSE178341)

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  • 发布于 2024-06-27 14:03
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单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(GSE161529)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(GSE161529)

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  • 发布于 2024-06-27 13:48
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单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(E-MTAB-8107)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(E-MTAB-8107)

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  • 发布于 2024-06-27 13:33
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单细胞转录组数据挖掘流程记录-BLCA膀胱癌(GSE192575)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-BLCA膀胱癌(GSE192575)

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  • 发布于 2024-06-27 11:44
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LD衰减距离

LD衰减距离

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  • 安生水
  • 发布于 2024-06-27 09:50
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qsub任务投递系统的常用命令 SGE任务调度

qsub全称为”Queue Submitter”，是Sun Grid Engine (SGE)集群管理软件中的一个命令行工具。它的主要作用是将用户提交的任务加入到队列中，等待计算节点执行。qsub可在Unix/Linux等操作系统下使用...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-06-26 17:54
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eQTpLot包的安装

eQTpLot 是一个直观且用户友好的 R 包，专为可视化 eQTL 和 GWAS 结果的共定位而开发。eQTpLot 将标准 GWAS 和 eQTL 统计结果以及可选的成对 LD 信息作为输入，以生成一系列图表，可视化给定基因-性状对的 eQTL 和 GWAS 信号之间的共定位、相关性和富集。

gdal 报错dnf安装包错

gdal 报错

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  • 发布于 2024-06-20 11:16
  • 阅读 ( 1535 )

使用peer根据表达量数据推断隐藏因子

在做eQTL分析时需要提供隐藏因子作为分析的部分协变量，分析中隐藏因子的引入主要是用来排除影响表达量数据的一些混淆因素，例如样本的采样环境、样本批次、其他位置因素等，这些因素视作分析中的无关因素(即一些无法测量的，但是会影响基因表达的因素)，需要进行预先处理。

单细胞RNA速率（RNA velocity）分析结果解读

单细胞RNA速率（RNA velocity）分析结果解读

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  • 发布于 2024-06-18 12:20
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8月相约南京--群体遗传进化GWAS分析、T2T基因组、泛基因家族、宏基因组等主题培训！

组学大讲堂线下培训，助你暑期弯道超车，多门经典课程等你来学！

ProteoWizard工具的安装与使用

ProteoWizard 是一套用于蛋白质组学数据分析和转换的开源软件工具，它支持多种质谱数据格式转换、可以用于谱图查看、质谱仪器参数查看、还可以用于蛋白序列模拟酶切…… ProteoWizard官网：https...

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  • 发布于 2024-06-14 15:13
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gtfToGenePred报错

使用gtfToGenePred的命令和报错： gtfToGenePred -genePredExt  Drosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf refFlat.tmp.txtDrosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf (GFF not supported by t...

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  • 发布于 2024-06-13 11:47
  • 阅读 ( 1510 )

细胞通讯cellchat结果介绍

细胞通讯cellchat结果介绍

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  • 发布于 2024-06-12 16:21
  • 阅读 ( 11212 )

单细胞转录组数据挖掘流程记录-BCC 基底细胞癌（GSE123813）

单细胞转录组数据挖掘流程记录-BCC 基底细胞癌（GSE123813）

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  • 发布于 2024-06-11 17:24
  • 阅读 ( 1670 )

GenePred格式

GenePred格式

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  • 发布于 2024-06-11 15:46
  • 阅读 ( 1648 )

R markdwon 代码块选项说明：

R markdwon 代码块选项说明：

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  • 发布于 2024-06-08 15:25
  • 阅读 ( 1671 )

An introduction to PERMANOVA and ANOSIM

PERMANOVA（Permutational Multivariate Analysis of Variance）和 ANOSIM（Analysis of Similarities）都是用于分析和比较群组间多元数据差异的统计方法。它们特别适用于生态和环境科学领域，...

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  • 发布于 2024-06-05 14:33
  • 阅读 ( 3589 )