annovar的染色体识别问题

如果是非数字形式的染色体编号(尤其是其中有特殊字符),annovar的注释可能会有问题,需要改成数字格式

annovar对于染色体编号的识别是有固定的标准的,一般情况下,annovar识别非数字的染色体编号可能会有问题,比如下面这种:

attachments-2024-11-zJoi41Jm673fe48297587.png发现使用annovar对如上染色体编号的vcf文件注释出来的基因是空的,对其中的特殊符号“-”进行替换,替换成“.”或者“_”均可,重新注释:

attachments-2024-11-RDDt3Jo1673fe5749b519.png这样就能够注释到基因了,因此在进行变异位点的注释之前,要尽量把染色体改成数字的形式,如果是NCBI的数据,也可以查询到NC编号对应的数字:

attachments-2024-11-N9IdUSHF673fe6013064f.png

  • 发表于 2024-11-22 10:02
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  • 分类:软件工具

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