获取MOTIF 位置信息矢量图

MEME(Motif-based sequence analysis tools)大家都很了解,是搜索DNA或者蛋白质的motif常用工具,结果输出一般是有四个文件,motif的图形展示文件(LOGO),txt文本,html的网页信息文件及xml...


MEME(Motif-based sequence analysis tools)大家都很了解,是搜索DNA或者蛋白质的motif常用工具,结果输出一般是有四个文件,motif的图形展示文件(LOGO),txt文本,html的网页信息文件及xml格式文件。


html文件主要包含两部分信息:其一是motif的属性信息(见下图),给出了LOGO,点击红色方框中的箭头,会显示motif在每个基因上的起始位置、p-value及序列:

attachments-2018-04-ilIRNe4L5add43fc11f53.jpg

其二,html文件还包含了motif在基因上的位置信息(见下图)。

attachments-2018-04-gkYBN9a55add441031b82.jpg

很多情况下,我们需要对该图片做进一步处理或者直接置于文章中,但该图片无法直接保存,而截图获得的并是不矢量图,在后续应用中可能会有麻烦。

下面我们介绍如何使用软件TBtools从xml文件中获取“motif locations”的矢量图。

1.选择工具


选择Java打开软件TBtools,这个软件有很多功能,此次的目的是将xml文件储存的motif locations信息转化为图片。工具选择如下图所示:

attachments-2019-01-Frd6C1d35c3a898885d07.jpg

2.输入文件

如下图所示点击右侧红色方框中的按钮选择输入文件也就是MEME结果中的xml文件,文件输入以后点击下方的start运行。

attachments-2019-01-HQ9uVr555c3a89b4c8e49.jpg

3.保存结果

生成结果时会弹出一个新的窗口,如下图所示,窗口内存放的就是motif在基因上的位置图。保存图片时点击Save Graph,弹出一个小窗口(如下图所示),选择要保存的图片的格式(建议保存PDF格式,便于以后修饰图片)点击Save就可以了。

attachments-2018-04-jWukv5WX5add445cbe823.jpg

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  • 发表于 2018-04-22 21:05
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  • 分类:软件工具

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landy
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