二倍体杂合基因组组装策略
在基因组组装过程中，我们常常碰到一些复杂的基因组，例如高杂合度、高重复、多倍体或者是基因组本身庞大等情况，而一般大基因组都是伴随着高重复和多倍体的。对于高重复，最佳的方案是测序读长...
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- Ti Amo
- 发布于 2023-11-08 14:08
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Ti Amo
BMC genomics|26个玉米基因组中萜烯合酶的多重变异模式
今天给大家分享一篇基于26个玉米泛基因家族文章——“Multiple variation patterns of terpene synthases in 26 maize genomes”
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- 每天学习一点点
- 发布于 2023-10-16 18:10
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每天学习一点点
omicsgene
Docker会限制线程数吗
再用hifiasm组装基因组时，线程数选择的100，但是后台只看见了10，这是怎么回事？docker会限制线程数吗？
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- Mr Dong
- 发布于 2023-06-14 11:14
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Mr Dong
基因组重复序列注释统计结果更新-buildRepeatSummary.pl
基因组重复序列注释统计结果更新-buildRepeatSummary.pl
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- omicsgene
- 发布于 2023-04-28 18:12
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核苷酸替换模型-GTR是所有模型中考虑参数最多最复杂的模型，其他所有模型是GTR模型的特例
GTR是所有模型中考虑参数最多最复杂的模型，其他所有模型是GTR模型的特例
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- omicsgene
- 发布于 2023-02-02 15:14
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根据GFF文件提取基因组中基因的蛋白，CDS，CDNA序列
https://github.com/TransDecoder/TransDecoder
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- omicsgene
- 发布于 2022-12-28 11:52
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repeatMasker 得到的out文件转换成gff文件，可以用bedtools对基因组进行重复区屏蔽
repeatMasker 得到的out文件转换成gff文件，可以用bedtools对基因组进行重复区屏蔽
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- omicsgene
- 发布于 2022-12-07 10:13
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真菌 ncRNA 基因特征及坚定方法
Haas BJ, Zeng Q, Pearson MD, Cuomo CA, Wortman JR. Approaches to Fungal Genome Annotation. Mycology. 2011 Oct 3;2(3):118-141. doi: 10.1080/21501203.2011.606851. PMID: 22059117; PMCID: PMC3207268.
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- omicsgene
- 发布于 2022-11-30 14:07
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contig or scaffold GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件
contig GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件
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- omicsgene
- 发布于 2022-11-17 21:14
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组装好的基因组通过agp文件得到contig序列
https://github.com/tanghaibao/jcvi/issues/391
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- omicsgene
- 发布于 2022-11-17 20:33
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Repeat masking in MAKER2 (difference with BRAKER2)
Repeat masking in MAKER2 (difference with BRAKER2)
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- omicsgene
- 发布于 2022-11-10 10:46
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