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请问这个是中间文件吗，注释成功后，就可以删除掉，节约空间，是吗？

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想请教一下 cds.TEM 数据 ，然后也得到了cds里的名和KO0001表对应好的eggNOG里的表。想变成 KO0001-样本 的丰度数据表，应该怎么操作，合并KO0001的丰度？

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宏基因组得到的物种相对丰度表进行kw差异分析或者Lefse分析时，对数据提前进行对数处理合理吗

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lefse分析细节

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对宏基因组的分类和功能数据去除低丰度数据时，论文中经常采用0.1%,0.01%或者不说明，我可以采用其他取值不在文中说明吗

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老师这个示例文件夹里没有东西，我cd到01.prepare_data文件夹下里面时候空的

  • Oho 2025-03-09 11:43
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进行GTDB注释时报错，报错信息为缺少参考基因组

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5 Orthofinder报错出现ZeroDivisionError: float division by zero

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根据组装后基因做的物种注释，还需要做稀疏曲线吗

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eggnog_file_process.r好像就是将同一功能下不同基因直接相加

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使用eggnog对组装后的基因进行CAZy和EC酶的注释，一个序列会注释到多个正常吗？另外我还想问一下进行lda分析时，未注释到的功能或者基因应该删除吗

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组装后的cds.count文件里有小数是合理的吗

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kneaddata里的trimmomatic的接头文件是通用的吗

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16S课程 03.asv_taxonomy

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fastp过滤宏基因组序列

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prodigal预测基因后会去除partial=00的contigs

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练习数据上传

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16S课程 02.feature_table #16S 分析 deblur

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tree_tax出错

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kneaddata做质控的时候，服务器卡死了，用trimmomatic+bowtie2分开跑是可以的吧