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随着PCA数目的增多，GWAS峰值越来越高，显著位点越来越少
1. 当你增加PCA数量时，模型引入了更多的协变量来校正群体结构，使得模型对表型变异的解释更加严格，这会导致你p越来越大。2. 背景噪音被有效校正，也会导致峰越来越明显。3. PCA数目选择标准可以基于qq图，如果大部分散点紧贴对角线，只有少数极端值偏离，说明模型拟合良好。4. 群体结构得到的Q矩阵进行矫正效果没有显著优...
回答于 2026-02-25 15:46
老师我已经把压缩包cat到一起并且更改了容器的名字为什么还是不...
他最后一个报错是说，这个t2t的名字已经被一个容器用了，可以删掉之前叫t2t的容器然后重新启动一下。
回答于 2026-01-21 16:05
重测序过滤
公司返回给你的vcf文件里面可能是没有区分snp和indel的，需要先分开snp和indel再使用这三步进行过滤。正常第一步不会少这么多。假设以173G作为基准的话，第二步和第三步过滤保留的文件大小没什么问题。 主要是LD过滤里面会删掉关联的SNP，这一步是会删掉非常多位点的。但是在很多步骤里面其实使用的是第二步的vcf，只有部...
回答于 2026-01-06 15:42
但我后面加了$之后它先是报错没有index目录，创建之后运行不报错...
..不是，你在运行这个指令的时候，要么fa和gff3写绝对路径，要么在当前文件夹下面存在你现在指定的fa和gff3.你现在的文件夹下面只有index.sh，运行的时候根本找不到基因组和gff3文件。
回答于 2026-01-06 14:56
想知道sh scriptdir/index.sh怎么创建才能用于索引建立，输入指...
没带 $指定变量，课程资料里面写的是 $scriptdir，请严格按照课程资料进行模仿，或者补充基础知识：shell中变量的类型以及如何再命令行使用指定变量
回答于 2026-01-06 11:22
为什么这两次是一个文件，只是改变了核数，输出的结果却不一样了
结果哪儿不一样了，是大小吗？如果大小不一样通常是由于排序导致的压缩率不同。排完序去重之后应该都是一样的。
回答于 2026-01-05 16:41
老师，我想把镜像复制到自己服务器上使用，使用的是singularity...
我们提供的好像都是docker的镜像（.tar.gz结尾，使用的时候需要docker load 之后再docker run），不是singularity的
回答于 2026-01-05 16:32
我更改文件名之后还是会复制不成功，这条命令应该怎样更改才正确...
你在容器里无法复制成功，容器里面的/work 和 容器外面 ~/reseq-pop-gwas是一致的，必须要在容器外面先把你的 ~/gene/ 复制到~/reseq-pop-gwas里面才可以
回答于 2026-01-04 16:48
泛基因组
"每个样本的私有基因包含进去的文件"是哪个，是Orthogroups_UnassignedGenes.tsv吗？Orthogroups_UnassignedGenes.tsv里面都是单独的基因，这个分析不是做基因，而是在做基因家族的PAV，两个以上才有group的概念。Orthogroups_PAV.tsv来自于Orthogroups.GeneCount.tsv。
回答于 2026-01-04 15:43