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XP-CLR
1. 确认你的“for i in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7;do”这边修改成了你vcf里面的序列ID 2. 需要check你的vcf文件里面样本名称在wild_popid.txt和cultivated_popid.txt 都是存在的。 3. --size $window --step $step --maxsnps 200 --minsnps 5看下你划分的窗口里面snp数目在5-200这个范畴吗
回答于 2025-07-22 14:58
您好，请问在docker镜像中运行sed -i 's/transcript://' 文件名...
可能是文件权限的问题，Docker 容器内的用户权限与宿主机不一致，导致无法修改或重命名文件。在docker run的命令里面加--group-add keep-groups看看有没有什么变化。
回答于 2025-07-17 10:27
您好iqtree2运行的时候报错，“You should increase checkpoint i...
在容器里运行其他命令的时候没有出现这个问题吗？ 这个提示的是容器检查点（checkpoint）功能的配置，默认配置下，检查点操作每 60 秒执行一次。如果容器写入频繁、磁盘 I/O 压力大、 60 s不足以完成检查点操作就会导致操作中断。 这个需要改/etc/docker/daemon.json的内容，还要重启容器。使用Docker Checkpoint功能提升...
回答于 2025-07-17 09:22
sam文件转换成bam文件是不能识别头部信息
1. 需要确认你的测序数据是ccs，并且对应使用的是minimap2的 -ax map-hifi； 2. 需要确认minimap2比对结束，并且不存在报错 （这个需要着重确认，没有看到你的图片，但是通常是比对未完成才会出现混乱）； 3. 如果确实比对完成了，但是头部缺失，可以尝试samtools view -bT contig.fa aln.sam > aln.unsorted.bam添加...
回答于 2025-07-14 15:55
nextpolish报错
详细需要nextpolish.e。报错为raise Exception(record.msg)，初步判断 1.fa或者fq格式建议检查；2. 内存不足，配置文件中降低线程数。
回答于 2025-07-08 16:41
基因组使用ont.fasta数据补gap时报错
具体需要看minimap2的报错，初步推断是内存问题，建议加-f 0.1限制一下： -f FLOAT filter out top FLOAT fraction of repetitive minimizers [0.0002]
回答于 2025-07-01 11:57
docker镜像搭载不上
docker run之前需要docker images查看一下自己有没有 localhost/omicsclass/genome-comparison这个镜像。你如果要load -i 起码当前文件夹下面要有genome-comparison-v1.0.tar.gz这个文件
回答于 2025-06-16 09:08
用GenomeScope软件预测基因组偏小
1. jellyfish histo这一步的 -h 参数也需要同步调大。 2. 较短的k-mer（如k=21）在重复序列中易产生交叉比对，导致重复序列被低估，可以多测试几个k值。
回答于 2025-06-06 11:56