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PSMC分析
可能的原因有：1. 数据量不足，如果数据量太少（低覆盖度这种）PSMC可能无法检测到有效信号。vcfutils.pl vcf2fq -d 10 -D 100这一步做了深度过滤，如果测序深度不够的话需根据实际覆盖度调整。psmc.fa文件内容需要包含足够的杂合位点。2. 参数设置不当，PSMC的参数（ -t、-r、-p）对结果影响很大，不合理的参数可能导...
回答于 2025-09-25 10:22
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dadi 分析
参数意义与使用参考：dadi实例解读参考：Molecular Ecology | Molecular Genetics Journal | Wiley Online Librarym12表示群体1到群体2的交流，m21同理。
回答于 2025-09-19 15:02
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用GenotypeGVCFs合并不同种质的g.vcf文件
是head部分染色体顺序也这样还是变异部分的顺序？如果只是变异之后的顺序，可以在生成完了vcf之后单独用Picard SortVcf或者其他软件做一下排序工作。
回答于 2025-09-19 13:34
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mummer比对syri进行SV检测报错
chrorder调整的时候染色体条数发生改变了。不做这一步直接根据之前的delta和coords文件做syri。但是可能存在大结构变异也会导致call变异失败
回答于 2025-09-17 16:23
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基因组组装BUSCO多拷贝过高
1. kmer评估中杂合度为多少？高杂合是否组装为两套染色体？高杂合未区分，D高2.物种是否为多倍体？有全基因组复制事件？如果存在，D高是正常情况。3.参考近缘种，与其他人busco的结果进行比较，看差异大不大，如果近缘种都是这样的结果可能是物种本身特性。后续处理，要么用hifiasm做出来的单倍型进行后续分析，或者采用 Pu...
回答于 2025-09-17 09:39
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