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LD 分析
掩盖问题可能是因为锯齿上下幅度过大导致的，增大窗口使得绘图尽量平滑，修改Plot_MultiPop.pl绘图命令的 -bin1 数字 -bin2 数字可以改善。
回答于 2026-03-10 09:42
泛基因组组装
1. metagenome-like方法组装出来然后清除污染序列体积为2.8GB：有点小，需要进一步评估是否可以使用。使用BUSCO或CheckM等工具评估组装基因组的完整性和污染率。如果BUSCO完整性高（>95%）且污染率低（<5%），说明组装质量较好，可以用于下游分析2. cd-hit-est去除重复contig卡死：cd-hit-est默认参数会进行全序列比...
回答于 2026-03-05 16:14
PSMC作图为一条直线
1. 出现这个问题是因为PSMC对数据质量极为敏感，杂合度高和参考基因组差会导致大量杂合位点被误判为测序错误，从而无法有效构建图 2.杂合度高是物种特性吗？也就是参考基因组只有一套染色体，但实际上应当是两套染色体才能降低比对产生杂合度的问题。 3. 如果没有更好的基因组可以选择，接下来两个思路： 3.1 使用更严...
回答于 2026-03-05 15:51
随着PCA数目的增多，GWAS峰值越来越高，显著位点越来越少
1. 当你增加PCA数量时，模型引入了更多的协变量来校正群体结构，使得模型对表型变异的解释更加严格，这会导致你p越来越大。2. 背景噪音被有效校正，也会导致峰越来越明显。3. PCA数目选择标准可以基于qq图，如果大部分散点紧贴对角线，只有少数极端值偏离，说明模型拟合良好。4. 群体结构得到的Q矩阵进行矫正效果没有显著优...
回答于 2026-02-25 15:46
老师我已经把压缩包cat到一起并且更改了容器的名字为什么还是不...
他最后一个报错是说，这个t2t的名字已经被一个容器用了，可以删掉之前叫t2t的容器然后重新启动一下。
回答于 2026-01-21 16:05
重测序过滤
公司返回给你的vcf文件里面可能是没有区分snp和indel的，需要先分开snp和indel再使用这三步进行过滤。正常第一步不会少这么多。假设以173G作为基准的话，第二步和第三步过滤保留的文件大小没什么问题。 主要是LD过滤里面会删掉关联的SNP，这一步是会删掉非常多位点的。但是在很多步骤里面其实使用的是第二步的vcf，只有部...
回答于 2026-01-06 15:42
但我后面加了$之后它先是报错没有index目录，创建之后运行不报错...
..不是，你在运行这个指令的时候，要么fa和gff3写绝对路径，要么在当前文件夹下面存在你现在指定的fa和gff3.你现在的文件夹下面只有index.sh，运行的时候根本找不到基因组和gff3文件。
回答于 2026-01-06 14:56