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老师您好，在做比较基因组提取CDS、蛋白序列和最长转录本时候，...
通常是gff3文件的格式导致的。需要检查gff3文件里面gene-mRNA-exon的对应情况。
回答于 2025-08-07 09:29
合并CNV结果失败
sample_files 的内容需要检查一下,以及里面的内容是不是都在当前文件夹下？可以看一下同样的软件做的SV合并有没有问题，如果SV没问题可能vcf里面没有什么能合并的cnv
回答于 2025-08-05 16:54
GATK 将VCF文件导入db出现问题
和线程关系不大，需要检查一下前面的g.vcf.gz都正不正常，以及他们的索引文件是否正常，如果涉及到染色体长度超过512M可能会引起一些索引的问题。或者你选择继续往下跑一下看看有在db变成vcf这一步有没有更明确的报错。以下是关于“htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did not inflate expected amount” GATK作者做出的答...
回答于 2025-08-04 17:55
GATK CALL 变异后导入GenomicsDBImport 出现问题
直接运行之后就终止了吗？还是出现这个信息之后他还在运行？GATK作者有关于这个问题的回复：GenomicsDBImport cannot use multiple VCF reader threads for initialization when the number of intervals is greater than 1. Falling back to serial VCF reader initialization. – GATK
回答于 2025-08-04 11:49
用R可视化snp分布的时候出现错误：WARNING: ignoring environmen...
需要检查是不是/tmp文件夹占满了磁盘空间，练习的服务器可以使用的存储大概在45-50G，原始数据、镜像都会占空间。
回答于 2025-08-04 11:44
ALLHIC1挂载出现问题
最开始的错误是这个Unable to open file draft.asm.fasta.near_.500.bed，这一步是否执行：export PATH=$PATH:/share/work/biosoft/bedtools/如果执行了，看一下bedtools能不能使用：bedtools -h，如果不能说明你的bedtools不在环境变量里
回答于 2025-07-23 18:13