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老师您好，我做比较基因组时，orthofinder2运行时出现报错，这是...
索引大于或小于列表的有效范围。1. 确认输入fa文件没有任何空行2. 物种名称规范，每个文件名代表一个物种，且文件名中不能包含特殊字符（如空格、括号、逗号等）3. 如果输入数据较大，减少线程数（-t）或增加内存4. 如果问题集中在某个特定文件，尝试逐步排除，逐个物种运行测试5. 如果不能定位是在哪一步出现的问题，...
回答于 2025-08-11 11:42
map bwa出错
这个是你下载的基因组里面存在>VBZB01000078.1这种名字的序列吧？要不行换个基因组。或者你基因组做一下预处理，只要前面的高质量的序列。
回答于 2025-08-08 18:25
老师您好，在做比较基因组提取CDS、蛋白序列和最长转录本时候，...
通常是gff3文件的格式导致的。需要检查gff3文件里面gene-mRNA-exon的对应情况。
回答于 2025-08-07 09:29
合并CNV结果失败
sample_files 的内容需要检查一下,以及里面的内容是不是都在当前文件夹下？可以看一下同样的软件做的SV合并有没有问题，如果SV没问题可能vcf里面没有什么能合并的cnv
回答于 2025-08-05 16:54
GATK 将VCF文件导入db出现问题
和线程关系不大，需要检查一下前面的g.vcf.gz都正不正常，以及他们的索引文件是否正常，如果涉及到染色体长度超过512M可能会引起一些索引的问题。或者你选择继续往下跑一下看看有在db变成vcf这一步有没有更明确的报错。以下是关于“htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did not inflate expected amount” GATK作者做出的答...
回答于 2025-08-04 17:55
GATK CALL 变异后导入GenomicsDBImport 出现问题
直接运行之后就终止了吗？还是出现这个信息之后他还在运行？GATK作者有关于这个问题的回复：GenomicsDBImport cannot use multiple VCF reader threads for initialization when the number of intervals is greater than 1. Falling back to serial VCF reader initialization. – GATK
回答于 2025-08-04 11:49