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老师请问一下。我在练习基因组组装中因为磁盘空间不够想删除一些...
建议你在当前文件夹下执行du -h --max-depth=1 | sort -h 如果是组装的话，基本上在组装阶段，每一个软件得到的最终fa文件保留； hic挂载过程保留最后的过滤得clean bam和定位坐标文件； 补洞可以删除补洞过程中得比对文件
回答于 2025-10-11 11:23
#保留蛋白编码基因
就跳过这一条，用$database/homo_protein/ath.gff.gz 作为下一条的输入文件。不确定到底能否使用，可以尝试运行这一条，如果 Arabidopsis_thaliana.protein_coding.gff3文件为空或者过小，可以放弃这条过滤。另外，过滤的话可以考虑根据第二列的source进行筛选，删除其他软件得到的非编码rna或者重复序列的信息。
回答于 2025-10-09 10:48
t2t基因组，转录组数据注释
两个策略，一个是不同的转录组都做注释，然后做合并；第二种也是大部分文献里会采取的，把不同的转录组数据combine之后做一次注释。如果选择第二种，则需要在原始数据的.gz做合并。
回答于 2025-10-09 09:50
你好老师，我05以后的脚本在rstudio server 突然打不开应该怎么...
针对第一个问题，可能是因为你的文件夹被删除或者改名字了，所以在原来文件夹路径试图打开文件会显示不存在。选择这里的刷新看看，如果刷新弹出报错，选择退回真实存在的文件夹，重新进入。针对第二个问题，我这边进入是没有问题的，你看看自己的网络和网址：http://cloud.omicsclass.com:8010，以及自己账户是否还在有效期...
回答于 2025-09-30 10:40
PSMC分析
可能的原因有：1. 数据量不足，如果数据量太少（低覆盖度这种）PSMC可能无法检测到有效信号。vcfutils.pl vcf2fq -d 10 -D 100这一步做了深度过滤，如果测序深度不够的话需根据实际覆盖度调整。psmc.fa文件内容需要包含足够的杂合位点。2. 参数设置不当，PSMC的参数（ -t、-r、-p）对结果影响很大，不合理的参数可能导...
回答于 2025-09-25 10:22