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基因组去冗余的选择
在BUSCO没有太大改变的情况下（即完整性没有太大差异），建议选择连续性更好的组装进行后续的分析，也可以继续通过merqury做一下QV打分，看看是否有差异（组装和测序数据的QV高一些更好）。关于这两个软件的选择，有文章《Identifying and removing haplotypic duplication in primary genome assemblies》进行了比较，文中...
回答于 2024-06-12 15:35
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在T2T基因组直播课程中第八步根据参考基因组挂载染色体，共线性...
你得到这个图应该是已经拿到了ragtag.scaffold.fasta， 用来做比对的这个fasta文件就是你的“染色体水平基因组”，这个只是一个可视化的检验结果。剩下没有挂载上去的contig基本上是靠手动挂载了。
回答于 2024-04-22 20:50
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PSMC如何在一同一张图里用不同颜色展示不同分组的样品
你好，你可以直接cat合并样本后采用psmc_plot.pl绘图，他会自动赋予颜色的 cat A.psmc B.psmc > combined.psmcpsmc_plot.pl -u u -g generation -M ' A,B' -p combine_plot combined.psmc
回答于 2023-09-07 16:33