基因组组装BUSCO多拷贝过高

物种用流式做出来是3.6G左右，用kmer估计也是3.6G左右，用HiFiasm默认参数组装也是3.6G，但是BUSCO的D数目过高，|C:99.2%[S:3.1%,D:96.1%],F:0.2%,M:0.6%,n:1614 。这个是什么原因呢？后面需要怎么操作

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分类：基因组学

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2 个回答

Ti Amo 1天前

1. kmer评估中杂合度为多少？高杂合是否组装为两套染色体？高杂合未区分，D高
2.物种是否为多倍体？有全基因组复制事件？如果存在，D高是正常情况。
3.参考近缘种，与其他人busco的结果进行比较，看差异大不大，如果近缘种都是这样的结果可能是物种本身特性。

后续处理，要么用hifiasm做出来的单倍型进行后续分析，或者采用 Purge Haplotig做杂合去除：GitHub - skingan/purge_haplotigs_multiBAM: branch of purge haplotigs that inputs multiple bam files

幻影 1天前

好的，我用kmer分析Hi-C数据，结果是这样的aa:89.5% ab:10.5%

Model converged het:0.105 kcov:45.7 err:0.000733 model fit:128 len:Inf 。这个是什么原因呢，还请老师解答下

基因组组装BUSCO多拷贝过高

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