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质控
说明目前过滤标准对你的数据来说太严格了，目前过滤标准为： --maf 0.05 --max-missing 0.7 --minDP 3 --maxDP 1000 --minQ 30 --minGQ 30 --min-alleles 2 --max-alleles 2 1. 如果你测序深度低，删除这个参数：--minDP 32. 如果不是二倍体，删掉这个--min-alleles 2 --max-alleles 23. 如果样本多样性差，下调--maf 0.05...
回答于 5天前
老师您帮忙看一下 就是我在做cafe分析的时候 这个我删掉一个...
Orthogroup.GeneCount.cafe.tsv.new需要检查，主要是检查Cocos_nucifera这个物种所在列是否全部为空
回答于 2026-07-06 15:46
重测序额质控
需要提供CP162209.1.recode.vcf.gz截图看看是不是QD没有，正常GATK进行call SNP得vcf都有QD，vcftools分割的时候需要选择保留所有info才可以。可以在VariantFiltration之前用SplitIntervals进行染色体分割
回答于 2026-06-29 10:59
单倍型出现这种问题，怎么解决
hapSummary或 hapPrefix参数有问题，导致无法正确提取或匹配单倍型结果。我们脚本里会自动给hapPrefix赋值为“Hap”，所以应该是hapSummary出现了问题。hapSummary是对hapResult进行汇总整理得到的，通过你上面的这个log文件： Scanning file to determine attributes. File attributes: meta lines: 3374 header_lin...
回答于 2026-06-24 17:22
老师 我咱做比较基因组分析的时候，遇到下面的问题，我用其它的...
内存或系统资源被触发 OOM Killer 杀掉进程。如果是10.pep_aln.renamed这个结果有问题，那你可以ll aln_out/10.pep_aln.renamed看看这个比对结果的大小有没有问题，也可以grep ">" -c aln_out/10.pep_aln.renamed看看这个序列数目对不对。但是如果是一个比对结果有问题的话应该是报错，你显示的是killed更类似于资源不足...
回答于 2026-06-23 13:53
泛基因组 结构变异 注释
vcf基因组坐标区间采用了“倒位 断点上游 + 倒位区间 + 下游”的记录，ANNOVAR 使用 SV 的基因组坐标区间，你的 INV 被记录为覆盖从 GeneA 附近 到 GeneB 附近，注释按这个区间来。一个断点在 GeneA，另一个断点在 GeneB（或两者分别靠近两个基因），注释就会显示该 SV 影响 GeneA 和 GeneB。你可以检查一下断点是否在两个基...
回答于 2026-06-16 15:55