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基因组下载
1. NCBI没有gff是因为作者没有上传，可以发邮件给通讯问询。NCBI的gbff无法转为gff。2. liftoff本质上是同源查找。如果不是同一个品系，可信度会打折扣。3. 根据基因组序列进行蛋白编码基因注释耗时长，我们基因组组装注释的课有讲。如果你标准比较低可以参考豆包给的liftoff方案，需要先用泛基因组课程里面的序列比对找到...
回答于 11小时前
基因组组装文章发表问题
该问题不属于课程范畴。其中第三条，通常基因组杂合度低于0.5%认为是简单基因组，此时调研图所得到的基因组大小最贴近组装大小。在杂合度1.2%的时候通常建议组装两个单倍型基因组，如果没有做单倍型区分，由于杂合区域的存在，该组装会大于调研图预测基因组大小。
回答于 2026-09-03 22:18
异常样本mapping rate异常问题
比对率低考虑污染。如果一定要继续往下分析建议做一下污染序列去除，或者只保留比对打分很高的部分进行后续分析。但是仍然存在风险：1. 深度降低，数据可信度存疑：假设原始 10× 数据，比对上 30% 相当于有效深度只剩 ~3×，低于 WGS 可信 SNP calling 的常规底线2. 如果各样本比对率不一致，低比对样本缺失率高，GWAS/PCA...
回答于 2026-09-02 14:40
移动的时候用通配符显示找不到文件 但列出文件夹里有
1.检查是否有不可见字符或者复制粘贴问题2. 确认通配符是否展开echo /work/T2T-demo/08.1.ChromSyn/ragtag.scaffold.*
回答于 2026-08-31 10:18
LD结果原始数据如何看
“LD.p.”是你自己给的输出文件前缀*.TriangleV.gz 区域内成对的 R^2/D’计算结果LD.p.site.gz 过滤后剩余的进入计算的 SNPsR ，第一列是chr ，第二列是site（snp所在位置）你说的LD区块分成两个意思，一个是根据LD衰减图确定LD block大小，在候选SNP左右两侧延申一个LD block所形成的。一个是 在LDBlockShow结果中联系紧密的S...
回答于 2026-08-31 10:01
泛基因组
他主要是基于web提供的可视化服务，使用参考这个：图形泛基因组可视化 - 组学大讲堂问答社区本地使用参考：GitHub - vgteam/sequenceTubeMap: displays multiple genomic sequences in the form of a tube map · GitHub
回答于 2026-08-05 16:26
nt 数据库
这个库比较大，我们无法通过网盘进行提供，下载和配置可以参考这个帖子：https://blog.csdn.net/m0_67672416/article/details/160833086我们网站上也有下载和拆分的教程：按物种拆分blast本地库 - 组学大讲堂问答社区
回答于 2026-08-03 11:20