Ti Amo
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单倍型分析

geneHapR: an R package for gene haplotypic statistics and visualization缺失位点看运行的R脚本里面有注释

回答于 6天前

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请问如果系统是windows server 2016版的话安装docker的话应该选...

我看到推荐有docker-19.03.3的。看看这个能不能用:https://download.docker.com/components/engine/windows-server/19.03/docker-19.03.3.zip

回答于 2025-12-12 16:27

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让公司给构建好的图形泛基因组,只有vcf格式文件,要拿它作为参...

转gfa,vg做比对call 变异

回答于 2025-12-09 14:16

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分别用FarmCPU和BLINK做GWAS,从Q-Q图看BLINK模型更优,但是Farm...

这是个性化的问题。我倾向于降低一点FarmCPU的阈值,看看他们显著的位点有没有overlap。如果只能选一个,倾向于选择有结果的

回答于 2025-12-02 17:27

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单倍型分析

gff文件不规范,存在空行可能

回答于 2025-11-27 11:49

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老师,您好!在变异结果注释ANNOVAR这部分里面,结果出现报错。...

参考:Perl脚本报错解析:annovar的exonic_variant_function文件格式错误排查指南 - 组学大讲堂问答社区

回答于 2025-11-20 17:54

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Tassel表型文件和基因组文件样本量不一样

需要,提取样本并且重新进行多态性位点的过滤

回答于 2025-11-13 17:35

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LD分析

运行Plot_MultiPop.pl的时候加上-keepR的参数,可以得到绘图的R代码,找到ylim=c(0,0.889945346658339)这种字样,修改0.889945346658339成你想要的上限,然后运行Rscript 前缀.r就可以了。具体如下:① Plot_MultiPop.pl -inList 你的list -output 前缀 -keepR② 修改“前缀.r”文件里的ylim,比如ylim=c(0,0.889945346658339)...

回答于 2025-11-12 10:56

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借助转录组辅助基因组注释

没跑完,Running CMD: /share/work/biosoft/PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/scripts/update_alignment_status.dbi -M '/work/0509t2t/18.PASA/pasa.sqlite' < alignment.validations.output > pasa_run.log.dir/alignment.validation_loading.output sh: alignment.validations.output: No such file or directory...

回答于 2025-10-20 17:54

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dadi

​​∂a∂i 本身的最大似然估计优化过程不会直接给出参数的置信区间。​​ 它只给出参数的最大似然估计值。需要通过其他方法来计算置信区间。最常用和可靠的方法是 ​基于似然的置信区间估计​​。

回答于 2025-10-17 17:37